Lettre de BIOGECO                      N° 117 Été 2021
Edito

Bonjour à tous,
 

Quel chemin parcouru depuis 2003, date de la création de Biogeco ! Que d'étapes franchies, de constructions et de développement de l'Unité...

En septembre 2003, date de mon recrutement à l'Université Bordeaux 1, Biogeco sur le site Universitaire était représenté par trois enseignants - chercheurs et occupait trois bureaux et une salle de laboratoire non fonctionnelle et complètement encombré par du matériel désuet que nos collègues nous avaient gentiment légués... L'écologie terrestre renaissait à l'Université.


18 plus tard, nous ne pouvons que savourer le chemin parcouru. Une belle dynamique se dessine pour l'avenir, avec notamment l'élargissement de l'ancrage de Biogeco dans des thématiques qui n'étaient pas les siennes à sa création : les milieux herbacés, urbains, les réseaux et observatoires de biodiversité.

Après de belles pages aquitaines écrites avec vous pendant toutes ces années, je pars pour commencer une nouvelle phase à l'Université Aix-Marseille au 1er septembre. Ce fut un plaisir de vous côtoyer. Des aventures humaines et scientifiques extraordinaires. Avec toujours un regret : celui de n'avoir pas pu être assez disponible pour mes collègues.


Bonne continuation à vous tous. Nous aurons sans aucun doute l'occasion de nous recroiser ces prochains temps.


Amicalement,
Manu

 
Sommaire
 

La photo du mois : (© Catherine Bodénès) Linaire à feuilles de thym ( Linaria thymifolia), espère protégée, endémique du littoral du Sud Ouest qui pousse sur les dunes mobiles maritimes.
 

1er Juillet : visite des locaux de Pierroton par le CHSCT. Nous ferons un bilan en CU.

A noter pour la rentrée :
  - 6 septembre : CU 9h30
  - 13 septembre : CODIR 13h30
  - 4 & 5 octobre : AG d'unité et sortie

Tatiana Allery, ayant fini son stage de master 2 le 18 juin,  débute le 1er juillet une mission (CDD de 6 mois)  dans le cadre du projet SPNA (Sylviculture de Précision en Nouvelle Aquitaine) qui consiste à valider et améliorer l’application Vigil’Encre, outil d’épidémiosurveillance participatif , mis au point dans l’équipe GEMFor.

Le contrat d’Arnaud Chevalier-Mairet est prolongé de 5 mois (projet HOMED, équipe GEMFor).


Mathilde Flores vient de finir son satge de M2. Elle est recrutée en CDD du 1er juillet au 31 décembre 2021, dans le cadre du projet B4EST, sous la direction de Laurent Bouffier (équipe Xylomes). Mathilde contribuera aux études relatives à la sélection génomique chez le pin maritime. Une nouvelle population de sélection génomique sera définie et génotypée afin de construire de nouveaux modèles de prédiction intégrant une meilleure prise en compte de l’aléa de méiose.
 
Maylis Gallois, post-doc du 1er août 2021 au 31 avril 2022 , dans le cadre du projet B4EST, sous la direction de Jean-Marc Gion et Laurent Bouffier (équipe Xylomes). L’objectif de ce post-doc est d’analyser les micro-fluctuations radiales enregistrées avec des microdendromètres pour caractériser les composantes génétiques des normes de réaction chez le pin maritime et l’eucalyptus. Maylis sera basée au LRSV (Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales) à Toulouse avec des déplacements réguliers de 2-3 jours à l’INRAE Pierroton.


Marjana Westergren de l'Institut forestier slovène (Département de physiologie et génétique forestières) en Slovénie visitera Biogeco pendant 4 mois, à partir de fin juin, dans le cadre d'une mobilité LaBex COTE qui a été retardée depuis l'été dernier en raison de covid19. Marjana travaillera avec Santi et d'autres collègues pour estimer les gradients de sélection, l'héritabilité sur le terrain et les réponses à la sélection dans une unité de conservation génétique du hêtre, dans le cadre des travaux prévus dans le nouveau projet H2020 EU FORGENIUS, et dans le développement d'une étude GWAS pour les populations de frênes de la Réserve de biosphère Mura-Drava-Danube (projet Interreg REFOCuS).
 
Le pôle administratif de Pierroton accueille Sylvie Mouden, une nouvelle collègue en CDD pour un an. Elle sera votre interlocutrice principalement pour les missions.

 




Manu : tous nos vœux de réussite t'accompagnent pour ce nouveau défi que tu t'es fixé au pays de la bouillabaisse et du tarot accompagné d'un pastaga ... bien frais ... Tes nouveaux collègues de l'IMBE ne le savent pas encore, mais ils ont bien de la chance de t'avoir recruté ! Nous avons beaucoup apprécié de travailler à tes côtés. Merci pour tout ce que tu as apporté à l'unité, merci pour ta gentillesse, pour ton implication sans faille dans le fonctionnement de notre collectif. Tu vas nous manquer, tu nous manques déjà! Bonne continuation et encore bravo pour cette promotion de Professeur des Universités.


Virgil reprendra la direction adjointe de l'unité dès le 1er septembre. Merci Virgil pour ton implication à venir pour le collectif et bienvenu au sein de l'équipe de Direction de l'UMR.

---------------------------
Remboursement des frais de mission
  1. En France
    1. Privilégier les réservations d’hôtel sur marché (HCORPO) cela vous évite d’avancer les frais
  1. Si le marché ne vous propose rien, vous demanderez une attestation de défaillance marché. Cela permettra un remboursement au frais réel plafonné à 110€ dans les villes (150€ Paris) sur présentation de justificatifs
  1. Vous avez la possibilité de réserver un hôtel hors marché. Le remboursement sera alors d’un forfait de 70€ à 110€ la nuit selon la ville, uniquement sur présentation d’une facture nominative.
  1. Pour réserver un camping, chambre d’hôte, auberge de jeunesse ou gîtes, vous devez impérativement essayer de réserver via le marché (pour prouver qu’il n’y a pas d’hôtel à proximité de votre lieu de mission).
S’il n’y a pas d’hôtel proposé sur le marché, il faudra récupérer l’attestation défaillance marchéqui sera délivrée par le site HCORPO et avoir l’accord du DUpour ensuite réserver votre camping ou autre
  1. A partir du 01/07/2021 les frais de repas seront remboursés UNIQUEMENT sur présentation d’un justificatif de repas : ticket de resto, ticket de boulangerie, ticket de courses.
Si vous ne joignez pas de justificatif (pour chaque déjeuner ou dîner) au moment de la note de frais, aucun remboursement de repas ne sera possible.
  1. Pour les personnes qui sont uniquement en mission TERRAIN, et où il n’y a ni resto, ni boulangerie, ni petit commerce à proximité, il faudra le mentionner dans l’OM.
Au moment de la note de frais, il faudra fournir une attestation sur l’honneur précisant les jours de missions et le nombre de repas pris.
  1. A l’étranger
    1. Vous ne pouvez réserver UNIQUEMENT dans les hôtels. Tout le reste n’est pas remboursable (camping, auberge de jeunesse, gîte, AirBnB….)
    2. Les repas seront aussi remboursés sur présentation de justificatifs
Dans tous les cas, il faut IMPERATIVEMENT RAMENER TOUS VOS JUSTIFICATIFS AU SECRETARIAT


Quelques rappels

>Pour tout départ en mission, le personnel (permanent et non permanent) d'INRAE doit déclarer toute mission sous #Temps, que vous badgiez ou non.


>Avant l'accueil de PEPS (Personnels Et Partenaires Suivis) au sein de l'unité, vous devez vous assurer de ressources financières minimale de 1500€ net/mois.

>Nous avons ouvrir la version anglaise du site web. Merci de mettre à jour vos pages perso  (français et anglais) cet été en vous y connectant avec votre LDAP. cf Sandrine si vous avez des difficultés.
> Félicitations à Benjamin pour sa promotion en ATP1!

>Bienvenue à :

-Maude Toïgo recrutée en qualité de MCF à l'Ecole d'Ingénieurs Bordeaux Sciences Agro. Elle rejoindra l'équipe XYLOMES.
-Fanny Robledo-Garcia recrutée en qualité d'IE INRAE. Elle rejoindra l'équipe GEMFOR.



> A compter du 1er septembre Myriam sera la représentante de l'unité au sein du conseil de l'Ecole Doctorale SE.

> La création de l'Unité de Service FAUNA, dont le directeur est Didier Alard, est officielle. Après environ 10 ans de construction de l'observatoire au sein de l'unité, l'OAFS (puis FAUNA dans sa version Nouvelle Aquitaine) constitue donc une nouvelle unité de l'Université, sous un format d'US. Les missions de cette Unité de Service: maintenir les activités historiques de FAUNA (Système d'Information Régional sur la Faune sauvage et appui aux politiques publiques), contributions aux formations (enseignement), et comme son nom l'indique, développement de l'appui aux unités et programmes de recherches dédiées à la faune. Cette officialisation concrétise le travail accompli depuis toutes ces années par l'équipe de l'OAFS-FAUNA. Merci notamment à Marie Barneix, qui profite de cette étape pour changer de cap, pour l'énergie dépensée dans cette construction. voir les ACTU de BIOGECO pour en savoir plus.

> Rappel: les ACTU BIOGECO sont ouvertes à des formats courts et longs ... contacter Sandrine pour faire passer vos actualités.

> Une nouvelle campagne de mesure ... au SOLEIL


Phenobois au synchrotron SOLEIL avec le Général Cochard et l'université de Bayreuth pour scanner des racines et des lenticelles. 


> Quel est ce « tigre » dans mon chêne ? Bastien et Alex nous font part d'un nouvel insecte herbivore dans The Conversation

(image reprise du site The conversation)
> VENDREDI 24 et SAMEDI 25 SEPTEMBRE 2021 : pièce de théâtre Seul en scène avec un musicien. Représentation sur l'Ile de Raymond, lieu d'expérimentation de Biogeco .
 « J'ai bien aimé ce cosmonaute qui nous aide, d'abord à partir de lune, à voir la beauté de la terre et la diversité du vivant. Je m'étais dit qu'on aurait pu la programmer pour l'unité. » Sophie.
 Réservation auprès de la CDC Convergence Garonne. Une suggestion d'y aller ensemble, covoiturage et moment convivial possible ?
 
> " Pour bien voir la forêt il faudrait être à la fois oiseau, renard et écureuil" (H Le Bouler). Participez au financement d'un film d'un tour de France à la rencontre des forêts et de celles et ceux qui les font vivre et les aiment. Pour un don c'est
ici.
 

> sur France Inter:
Comment réduire l'impact environnemental de la recherche ?

Les forêts françaises et l’évaluation de leur état

> Dans le cadre des bonnes pratiques de publication, voici DAFNEE, une base de données de journaux scientifiques en lien avec le secteur académique en écologie et évolution


>Peer Community Journal: ça démarre cet automne !






> "Les racines, grandes oubliées de l’agronomie et clés d’un futur écoresponsable". 31 mai 2021 Le Monde - avec la contribution de Frédéric Danjon


Grand Angle sur France Inter & article dans SUD-OUEST "l'avenir des chênes pédonculés"> Les gardiens des chênes : une étude de science participative sur les arbres victimes du réchauffement avec Bastien et Yasmine....reportage

  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Projets
Quelques exemple de projets cet été :
- Du metabarcoding pour étudier la diversité des microorganismes endophytes du maïs, en collaboration avec Eléonore Attard de l’Université de Pau et des pays de l’Adour.
- Du développement de marqueurs microsatellites pour étudier la phylogéographie des mouches des fruits, en collaboration avec le CIRAD de La Réunion.
- Du génotypage MassArray sur chêne blanc américain (collaboration John Carlson de l’Université Penn State) et sur l’épicéa de Sitka (collaboration Domen Finzgar de l’Université d’Édimbourg).
- De la droplet digital PCR sur endophytes bactériens dans le cadre du projet HOLOBROM (Maternal effects and environmental filtering on microbial fluxes from mother plants to offspring), en collaboration avec Céline Leroy de l’IRD de Kourou.
 
Qualité
La PGTB a passé avec succès son audit interne de qualité les 22 et 23 juin, dans le cadre de la certification ISO 9001|NFX 50-900.
 
Pratique
La PGTB reste ouverte tout l’été. Nous vous souhaitons de belles vacances !

 


2 juillet, 9h30 - 10h30 : Rosalía Piñeiro, postdoc Biogeco : "Genomics of tropical legumes in Africa: species delimitation and biogeography" (présentation en anglais, questions en anglais ou français)

9 juillet, 9h-11h Formation ouvert à tout le personnel de l'UMR : création de son ID-HAL et dépôt des productions sur l'archive ouverte HAL). MP Raymond, S de-Mareschal, M Desailly (IST) (présentation et discussion en français)

10 septembre, 9h30 - 10h30. R3IA sur l'Intelligence Artificielle (http://r3ia.bordeaux.inria.fr/fr) par Nicolas Roussel (INRIA).

La Commission Permanente de la Région a donné le feu vert pour l’entrée du Réseau de recherche régional "Intelligence Artificielle" dans sa phase d’amorçage. Un mini-événement de lancement du réseau sera probablement organisé le vendredi 2 juillet après-midi (15h30 - 17h30), dans le cadre de la conférence PFIA. Simon nous tiendra au courant des détails courant juin.

-----------------
les enregistrements des exposés des animations Sci&tech sont disponibles à https://nas-pgtp.pierroton.inra.fr dans le dossier BIOGECO/Réunions. Vous trouverez les derniers qui concernent les présentations de Colin Brown, Pascale Garcia et Arnaud Sergent  sur les  R3 "Futurs-ACT", BIOSENA & SYLVANA. Vous y retrouverez aussi l'exposé de Valentin Hivert ainsi que celui de Cyrille Rathgeber et de Rosalia ... nous en profitons pour signaler l'outil développé par l'équipe à laquelle appartient Valentin, intéressant pour ceux qui veulent se familiariser avec la variance et les composantes de variance de traits complexes: https://shiny.cnsgenomics.com/Falconer2/
Arbor'Ecol - Bastien Castagneyrol. projet retenu par la Région NA.

Quelle est la place des arbres dans la biodiversité urbaine et dans la tête des enfants ? C’est à cette question que le projet Arbor'ÉCOL répondra au travers d’une démarche de science participative associant scientifiques, élèves, enseignants et médiateurs scientifiques autour de l’arbre en ville.

Les arbres fournissent de nombreux services écosystémiques à la population, et tout particulièrement aux citadins. Les attaques d’insectes herbivores natifs et exotiques compromettent ces services. La biodiversité pourrait contribuer à réguler ces attaques, mais la biodiversité est fortement influencée par l’urbanisation, et elle n’est pas homogène au sein même des villes. Les élèves épaulés par les chercheurs utiliseront les outils de l’écologie fonctionnelle et de l’écologie acoustique pour évaluer l’effet de l’urbanisation sur la biodiversité associée aux arbres autours des écoles, collèges et lycées de la région Nouvelle Aquitaine.

Au travers d’une démarche déclinée en quatre temps — je découvre, j’observe, je comprends, je raconte — Arbor'ÉCOL permettra de comprendre les mécanismes impliqués dans la résistance des arbres urbains aux attaques d’insectes herbivores tout en offrant aux élèves une authentique expérience de recherche.

Crise climatique, crise de la biodiversité, crise sanitaire : jamais la compréhension et l’enseignement de la science n’ont autant été au cœur des enjeux de société. Les sciences citoyennes offrent une opportunité unique de renforcer les liens science–société. Mais ce potentiel doit être évalué, et le cas échéant renforcé. C’est dans cet objectif qu’Arbor'ÉCOL associera scientifiques et professionnels de l’éducation et de la médiation des sciences pour évaluer l’impact du projet sur les apprentissages des élèves et sur leur perception de leur environnement naturel dans différents contextes géographiques et socio-économiques.

Arbor'ÉCOL poursuit ainsi trois objectifs principaux indissociables : l’acquisition de connaissances en écologie, l’éducation des futurs citoyens à la science et à l’environnement, et le développement de compétences (empowerment) du jeune public de la Nouvelle Aquitaine. En acquérant une expérience authentique de recherche guidée par leurs enseignants et les chercheurs au travers d’une démarche inclusive de co-construction des savoirs, les « Arbor'ÉCOLiers », « Arbor'ÉCOLlégiens » et « Arbor'ÉCOLycéens » deviendront des citoyens éclairés et engagés. capables de percevoir les grands enjeux environnementaux qui les concerne(ro)nt directement.

PROTEHYL ONF OFB - Hervé Jactel. Le projet PROTEHYL est un projet financé par le programme ECOPHYTO2+ qui vise à réduire l'usage des pesticides. Ce projet est coordonné par l'ONF et INRAE, en partenariat avec les principaux acteurs privés et publics des forêts de plantation en France. Son objectif est de mettre au point des solutions de lutte alternative, sans pesticide, contre le grand charançon du pin (Hylobius abietis), principal ravageur des jeunes plantations de conifères (pins, épicéas, douglas). Depuis l'interdiction des néonicotinoïdes en forêt les gestionnaires forestiers cherchent en effet des solutions de remplacement. Le projet PROTEHYL va tester différentes modalités de lutte préventive, fondée sur la répulsion par les odeurs émises par les bouleaux (plants de bouleau, broyats de branches de bouleau, diffuseurs d'odeurs de bouleau), ou sur la préparation du sol (scarification). L'équipe BioDiv de BIOGECO est chargée dans ce projet des protocoles de suivi des populations de charançon avec la mise au point d'un piège, des mesures de dégâts, et de l'analyse des données.
 

Bridge the gap between phytoremediation solutions on growing energy crops on contaminated lands and clean biofuel production - GOLD
 Ce projet comporte 19 partenaires (dont Michel Mench pour Biogeco ), pour une durée de 48 mois.

Le projet GOLD vise à produire des biocarburants propres, en ayant peu ou pas d’impact sur l’affectation des sols, en cultivant des plantes ligno-cellulosiques sélectionnées à haut rendement sur des terres contaminées et, à long terme, à rendre ces terres à la production agricole ou d’autres productions végétales. Ce projet de recherche s'appuie principalement sur 3 work-packages (WP 1-3). Dans le premier (WP1), la production de cultures énergétiques ligno-cellulosiques à haut rendement (miscanthus, switchgrass, sorgho pour la biomasse et chanvre industriel) sera optimisée à des fins de phytoremédiation et abordée sur 2 continents : en Europe (Grèce, Italie, France et Pologne) et en Asie (Inde et Chine). Les objectifs d'optimisation sont les suivants : a) augmenter le potentiel de remédiation des cultures énergétiques sélectionnées en améliorant leur production de biomasse et, par conséquent, leur bioaccumulation finale et b) réduire les niveaux de contaminants dans le sol (fraction biodisponible), soit par absorption (contaminants inorganiques), soit par dégradation (contaminants organiques) en proposant des pratiques de gestion appropriées (microorganismes associés aux plantes et divers biostimulants). Des essais pilotes à petite échelle seront mis en place avec un double objectif : l'application des pratiques de phytomanagement les plus performantes, et la production de matières premières qui alimenteront les processus de conversion. L'utilisation de biomasse récoltée sur des sites contaminés existants - et non artificiellement contaminés - est cruciale pour obtenir des résultats fiables concernant les méthodes de conversion des biomasses. Dans le deuxième groupe de travail (WP2), la production de biocarburants sera réalisée par 2 voies de conversion thermochimique. Dans la première voie, la matière première contaminée ou non sera prétraitée (i.e. Torwash, torréfaction ou pyrolyse à basse température) et gazéifiée à haute température en fixant les métaux /métalloïdes des cendres dans un laitier vitrifié condensé. Le gaz de synthèse produit, après épuration, sera ensuite fermenté pour obtenir des biocarburants liquides finaux. La deuxième voie consiste en une solution basée sur la pyrolyse avec une valorisation ultérieure des produits de pyrolyse en intermédiaires compatibles avec les raffineries et la production de carburants via le procédé Fisher-Tropsch. Dans les 2 cas, les biocarburants liquides produits seront propres et les contaminants seront collectés sous forme concentrée. Dans le troisième work-package (WP3), une évaluation intégrée de la durabilité sera réalisée et un modèle spécifique sera développé pour les chaînes de valeur sélectionnées, afin de combler le fossé entre les stratégies de phytomanagement et la production de biocarburants propres. La cartographie détaillée des sites contaminés et l'analyse des stratégies de décontamination en termes de réplication au niveau européen font partie du WP3. Des modèles spatialement explicites seront appliqués et combinés avec des données spatiales de contamination des sols provenant des études LUCAS, GEMAS et FORESG afin d'estimer les potentiels, au niveau de l'UE, des zones contaminées qui pourraient être assainies, les quantités de matières premières qui pourraient être produites, ainsi que les quantités pertinentes de production de biocarburants. La cartographie sera présentée en ligne avec un outil en libre accès, disponible sur le site web du projet. En outre, les meilleures pratiques et recommandations pour combiner la phytoremédiation avec des biocarburants propres à faible ILUC seront développées, en tenant compte des gains environnementaux et socio-économiques et en rapprochant GOLD de son ambition et de la réalisation des Objectifs de Développement Durable (SDG). GOLD soutient la collaboration internationale, conformément à la mission Innovation Challenge 4 sur les biocarburants avancés, avec la participation de pays non européens de premier plan, soit en tant que partenaires (Canada, Inde, Chine), soit en tant que membres du conseil consultatif international (Brésil, États-Unis, Australie). Le large partenariat du projet mobilise diverses connaissances préexistantes et un niveau de maturité technique pour fournir efficacement la bonne solution à cet effort de double nature (phytoremédiation et production de biocarburants). Le TRL (Technological Readiness Level) de départ pour les technologies de base (phytoremédiation, prétraitement de la biomasse et étapes de conversion) et les chaînes de valeur sélectionnées sera de 3-4 et devrait être porté à 4-5 à la fin du projet. Un plan de diffusion et de communication solide a été conçu (WP4) comprenant des activités (journées de démonstration, journées portes ouvertes, ateliers internationaux ciblés et webinaires, etc.) et des matériaux et moyens (site web, comptes sur les médias sociaux, liens avec des plateformes et projets clés, vidéos, brochures, articles en accès libre, etc.) Les activités de diffusion et de communication ont été planifiées de manière équilibrée entre celles qui nécessitent une présence physique et celles qui sont organisées via le web.
BIOGECO (Michel Mench) intervient dans les WP1, 4 et 5, en étroite collaboration notamment sur le site (Evin-Malmaison) et parcelles établies et gérées par Junia-Yncrea (Lille, Dr. N. Oustrière et al).


 
> Nouveau guide de prévention  INRAE
Nicolas Feau (ancien post-doc dans l'équipe Gemfor 2009-2011) a été recruté en tant que chercheur à Ressources Naturelles Canada - Service Canadien des Forêts (SCF)

Clément Saint-cast a réussi le concours de chargé de recherche ouvert au sein de l'UMR Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne. L'intitulé du poste est le suivant: « Modélisation des flux hydriques et minéraux dans les racines de la vigne greffée en réponse aux contraintes abiotiques». Il y rejoint Marina De Miguel Vega recrutée un an avant dans une nouvelle équipe Portes-Greffe/racines dirigée par Philippe Vivin avec 5 scientifiques. Nous avons eu plaisir à accueillir Clément en stage de Master 2 puis en thèse, Frédéric Danjon, Céline Meredieu et Pauline Défossez et de publier deux articles novateurs dans notre discipline. Il est alors parti en post doc à Louvain la Neuve en Belgique dans un très bon labo modélisation racine.
Richard, B., Dupouey, J.-L., Corcket, E., Alard, D., Archaux, F., Aubert, M., Boulanger, V., Gillet, F., Langlois, E., Macé, S., Montpied, P., Beaufils, T., Begeot, C., Behr, P., Boissier, J.-M., Camaret, S., Chevalier, R., Decocq, G., Dumas, Y., Eynard-Machet, R., Gégout, J.-C., Huet, S., Malécot, V., Margerie, P., Mouly, A., Paul, T., Renaux, B., Ruffaldi, P., Spicher, F., Thirion, E., Ulrich, E., Nicolas, M. & Lenoir, J. (2021) The climatic debt is growing in the understorey of temperate forests: Stand characteristics matter. Global Ecology and Biogeography,
Un papier du réseau de suivi RENECOFOR auquel ont participé Manu et Didier sur la dette climatique dans les forêts françaises et l'importance de la gestion locale. Et pour illustrer une photo de la campagne RENECOFOR de cette année. Une des placettes du réseau national RENECOFOR suivies depuis plus de 20 ans sous la coordination de l'ONF : la campagne 2021 de ce printemps dans la placette CHS86.

 


Prospero S., Botella L ., Santini A., Robin C. 2021 Biological control of emerging forest diseases: How can we move from dreams to reality? Forest Ecology and Management 496 (2021) 119377
Etude réalisée dans le cadre du projet H2020 HOMED.

 
Seehausen. ML, Afonso. C, Jactel. H, Kenis. K, (2021) Classical biological control against insect pests in Europe, North Africa, and the Middle East: What influences its success?’ NeoBiota, 65: 169–191.
Il s'agit d'une publication sur la lutte biologique contre les espèces invasives en forêt, produite dans le cadre du projet européen HOMED coordonné l'équipe Biodiv de Biogeco

https://www.ipbes.net/sites/default/files/2021-06/2021_IPCC-IPBES_scientific_outcome_20210612.pdf
Dans le rapport conjoint récemment publié (10 juin 2021) par l'IPBES et le GIEC, la diversification les plantations forestières est proposée comme l'une des rares options gagnant-gagnant pour atténuer le changement climatique et améliorer la biodiversité dans le secteur forestier, citant les travaux de l'équipe Biodiv de Biogeco (page 52)

Olsson, S., Lorenzo, Z., Zabal-Aguirre, M., Piotti, A., Vendramin, G.G., González-Martínez, S.C., Grivet, D. 2021. Evolutionary history of the mediterranean Pinus halepensis-brutia species complex using gene-resequencing and transcriptomic approaches. Plant Mol Biol.
Un nouveau travail collaboratif entre l'INRAE, le CNR et l'INIA, montrant l'histoire démographique contrastée de P. halepensis et P. brutia, et au sein des pools génétiques du premier. Les populations occidentales de P. halepensis semblent avoir suivi un bottleneck prolongé mais la diversité a été maintenue intacte dans la répartition la plus orientale.


Vacher C., Castagneyrol B., Jousselin E., Schimann H. 2021. Trees and insects have microbiomes: consequences on forest health and management. Current Forestry Reports, 7, 81–96
Cette revue sur les interactions arbres-insectes-microorganismes est une production du premier confinement. Elle est à l'initiative de Bastien, en tant qu'éditeur du numéro spécial. Elle implique 4 chercheurs du département ECODIV (Corinne et Heidy pour le microbiome des arbres, Bastien et Emmanuelle pour le microbiome des insectes). Nous montrons comment et dans quelle mesure les microbiomes des arbres et des insectes influencent les dégâts d'herbivorie dans les écosystèmes forestiers. Nous discutons ensuite de l'intégration des microbiomes dans les stratégies de gestion de la santé des forêts.

B. de Thoisy, ... A. Franc ... (35 auteurs) ... J.F. Guégan - 2021 - Ecology, evolution, and epidemiology of zoonotic and vector-borne infectious diseases in French Guiana: Transdisciplinarity does matter to tackle new emerging threats. Infection, Genetics and Evolution 93:104916
Cette publication est le fruit d'une collaboration longue entre Pleiade et l'Institut Pasteur de Cayenne, dans le cadre du labex CEBA, sur les plans de bioinformatique, modélisation, et analyse des données. Il s'agit d'une synthèse collective pilotée par Benoit de Thoisy (Institut Pasteur de Guyane) et Jean-François Guégan (MIVEGEC & ASTRAE, Cirad & Inrae, Montpellier) sur l'ensemble des études menées en Guyane sur les zoonoses et les maladies à transmission vectorielle. Elle porte sur l'ensemble des aspects, à l'interface entre les modifications d'habitats, les pressions anthropiques croissantes sur les milieux naturels, l'évolution de la faune sauvage, les meilleurs connaissances acquises sur les cycles de vie complexes des agents pathogènes et l'évolution des technologies d'observation, que ce soient les images satellite ou les séquenceurs. Elle a vocation à ce que les conclusions et méthodes puissent être utilisées en Amérique Centrale et du Sud en milieux tropicaux.

T. W. Wong Hearing, A. Pohl, M. Williams, Y. Donnadieu, T. P. Harvey, C. R. Scotese, P. Sepulchre, A. Franc & T. R. A. Vandenbroucke - 2021 - Quantitative comparison of geological data and model simulations constrains early Cambrian geography and climate. Nature Communication, 12:3868 |
Il existe une incertitude sur la position des continents en paléogéographie d'autant plus grande que l'époque est reculée. C'est notamment le cas pour le début du Cambrien (- 540  à  - 509 My)  qui a vu l'explosion dite Cambrienne où les grands plans d'organisation des métazoaires se sont mis en place chez les animaux (big bang zoologique). Il existe plusieurs "proxies" notamment lithologiques et climatiques pour inférer la paléogéographie. Ici, les différentes hypothèses ont été comparées à plusieurs simulations de GCM avec ces paléogéographies comme conditions aux limites, et traduction en "paléobioclimats" (en l'absence de végétation terrestre ...) comparés aux empreintes lithologiques, ce qui a permis de conforter une hypothèse parmi celles posées. Il doit s'agir de la publication avec une contribution de BioGeCo en macroécologie la plus reculée dans le temps. Plus globalement, les curieux peuvent aller consulter https://www.youtube.com/watch?v=tObhGzHH2aw fait par C. Scotese co-auteur de l'article et qui maintient le site "paleomap" depuis plus de 30 ans.

INRAE

> Création du GDR labos 1.5: Analyser et réduire l’empreinte carbone de la recherche

> ADN 2021 c'est ici

> Rappel sur le reprise du travail sur site pour les TTeurs.
  • A compter du 1er juillet, pour tous les agents dont les missions pouvaient être totalement ou principalement exercées à distance (hors personnes dites « vulnérables » qui continuent à bénéficier d’un régime dérogatoire spécifique)==> retour sur site au minimum 2 jours par semaine (quel que soit la quotité de travail.) et au maximum 3 jours si l’agent le souhaite dans le strict respect des capacités d’accueil de chaque centre.
  • A compter du 1er septembre, le régime normal sera la règle. Nous appliquerons à cette date les nouvelles modalités de télétravail à INRAE (et UB cf ci-dessous) suite aux reflexions menées au sein de chaque collectif et aux discussions que nous aurons en CU et codir à la rentrée.
> Le 1er webinaire du PTI Tour.
> Accès au site
intranet du département ECODIV
> campagne d'avancement DR1
ici. Clôture 24 août.
> Concours DR2. Clôture : 24 août

 
UB

> TT : publication de la nouvelle note de cadrage sur le TT, similaire à celle d'INRAE ce qui facilitera la mise en place du TT au sein de l'unité.

> l'ED Sciences et Environnements reconnait dorénavant les articles recommandés par des Peer Community In

> Monitorat : Aux étudiants et étudiantes (aux encadrants et aux encadrantes) curieux de faire du monitorat au cours de leur doctorat:
Pour les monitorat dans l'UF de biologie, les décisions sont arbitrées en juillet.
 
En cas de recrutement, il vous sera désigné un tuteur ou une tutrice parmi la communauté des Enseignants-Chercheurs de l'UF, et choisi.e pour correspondre au domaine que vous avez indiqué dans le document d'application. Son rôle est de vous orienter dans les offres de formation et vous faire entrer en contact avec les responsables d'Unités d'Enseignement qui ont fait remonter des besoins pour l'année universitaire qui va commencer en septembre.
 
Il y a des postes sur des besoins récurrents qui se trouvent beaucoup en Licence 1 et en Licence 2. Ses UE à fort effectif (1000 étudiants) peuvent sembler un peu loin de vos domaines de thèses (C2i-informatique, Biologie Animale, Biologie Végétale, Génétique Mendélienne, Physiologie générale etc...) mais présentent l'avantage de faire la démonstration de beaucoup de professionnalisme.
Gérer 1000 étudiants nécessite une gymnastique cérébrale et une organisation robuste qui ne vous laissera pas de coté et vous apprendra beaucoup sur la souplesse des acteurs des formations universitaires. Il y a toujours des besoins dans ces UEs et vous arriverez largement à remplir votre service en partie ou en totalité avec les équipes pédagogiques en question.
 
Il y a des postes sur des besoins réguliers dans les UE de Licence 3 à plus faible effectif et  probablement plus proches de vos domaines d'intérêt. Plus particulièrement pour les équipes pédagogiques de notre UMR, les champs de l'écologie, de la génétique des populations, des statistiques et de la botanique sont en tension chaque année et seront enchantées de vous accueillir.
 
Voici quelques responsables d'UEs de notre Unité qui pourront vous orienter. Ce ne sera pas forcément dans cette liste que vous trouverez votre tuteur ou votre tutrice. Le tuteur engage un dialogue et essaie de vous orienter selon ses besoins et ceux des autres, il s'agit d'une aide et d'un dialogue, non d'un donneur d'ordre.
 
Pour la génétique des populations et la biologie animale en Licence :
demandez à votre tuteur de vous mettre en contact avec Laure Villate
Pour la botanique et l'écologie générale en Licence, Marie-Lise Benot
Pour les statistiques en Licence, Virgil Fievet
Pour la génétique en Licence, Emmanuelle Revardel
 
There are some opportunities for non-french speakers to teach in English, not that much, but a few at the University of Bordeaux within and without the "Unité de Formation de Biologie". Do not hesitate.


>Valider ses acquis 
Vous souhaitez évoluer professionnellement ou sécuriser votre parcours professionnel en obtenant un diplôme correspondant à votre expérience : la validation des acquis est faite pour vous.
Deux solutions s'offrent à vous :
La Validation des acquis de l'expérience (V.A.E.)
Ce dispositif national, vous permet d’obtenir un diplôme (ou une partie) en faisant valoir vos acquis d’expériences professionnelles, personnelles, associatives ou bénévoles.
 
L'expérience professionnelle du candidat (d’un minimum d’un an exercée de façon continue ou non) doit être en relation directe avec le contenu et les spécificités du diplôme visé.
 
Les périodes de formation initiale ou en milieu professionnel sont également prises en compte, tout comme les activités non salariées ou bénévoles.
 
Tous les diplômes universitaires sont accessibles par la VAE.
 
Un dossier détaillant l’expérience et les compétences acquises, comparées à celles du diplôme souhaité devra être constitué et présenté en jury.
 
Le jury peut attribuer la totalité du diplôme. A défaut, il se prononce sur l'étendue de la validation et, en cas de validation partielle, sur la nature des connaissances et aptitudes devant faire l'objet de formations complémentaires ou autres modalités permettant d’acquérir les connaissances manquantes.
 
Comment procéder ?
 
En premier lieu, il est recommandé de prendre conseil auprès des Points Relais Conseils (PRC) mis en place par les Conseils régionaux. Ces organismes ont un rôle d’information du public sur la procédure de VAE et peuvent proposer une aide au choix du diplôme.

En savoir + 

Pour un diplôme de l'université de Bordeaux : Après avoir consulté l'offre de formation de la spécialité qui correspond à votre parcours, rapprochez-vous du service de Formation Continue de la composante universitaire qui délivre le diplôme.
 
La Validation des Acquis Professionnels et Personnels (V.A.P.P)
Ce dispositif de l’enseignement supérieur, vous permet de reprendre des études en intégrant une formation sans posséder le diplôme requis.
 
Vous devez constituer un dossier présentant les contenus de vos expériences et des formations suivies, accompagnés de justificatifs. Les informations présentées doivent permettre de mesurer vos chances de réussite dans la formation choisie.
 
Par exemple : un technicien titulaire d'un BTS (bac +2) peut présenter une VAPP dans le but d'intégrer une première année de master (bac +4) sans avoir validé de bac +3 initialement, comme demandé.
 
Si votre demande est acceptée, elle débouche sur la dispense du diplôme requis et l’autorisation de candidater ou de vous inscrire en formation, selon le diplôme visé.
 
Toutes les formations diplômantes dispensées par les établissements universitaires peuvent faire l’objet d’une demande de dispense.
>
Consultez notre offre de formation.
 
Pour connaître la procédure, rapprochez-vous du
service Formation Continue de la composante universitaire qui délivre le diplôme.
 

 

La législation sur la VAE : https://www.service-public.fr/particuliers/vosdroits/F2401
 
FUTURS-ACT: Les différentes présentations de la matinée "De l'adaptation à l'anticipation des changements climatiques" sont accessibles ici.

EVOLTREE Conference on "Genomics and Adaptation in Forest Ecosystems"  14-17 September, 2021, Switzerland. Conference website. The abstract deadline for oral presentations and posters is 15th of June, 2021. Please log-in with your registration credentials and submit your abstract here: https://conf.wsl.ch/evoltree/

Lancement du site internet ClimEssences
Le RMT Aforce présente le site internet produit grâce au projet ClimEssences le lundi 5 juillet, de 17h45 à 20h00.
Issu d’un travail collaboratif entre l’ONF, le CNPF et les partenaires de la recherche sous l’égide du réseau AFORCE, ce site regroupe des graphiques et des cartes pour visualiser le climat actuel et futur et connaître la compatibilité des principales espèces forestières à ces différents climats, ainsi qu'une description de 150 espèces forestières selon de nombreux critères.
 
Inscription obligatoire avant le 1er Juillet
sur ce lien
Plus d’informations ici
 
Colloque AllEnvi : Conservation de la biodiversité

1 au 3 septembre 2021, à Marseille en amont du Congrès mondial de la nature
Amphi Gastaut, Le Pharo, Marseille
Conférence hybride : Présentiel / Distanciel : https://conserv-biodiv.sciencesconf.org
 *Evolutionary context of biodiversity conservation strategies;

* Diversity of types of anthropization and their effects on conservation;

*Interactions and feedbacks between climate and biodiversity;

* Making explicit the ethical issues in conservation.


> IUFRO conference "Introduction, Breeding, Propagation and Deployment of Pacific Northwest Conifers Around the World: 70 years of Progress, Opportunities and Challenges" 8-10 novembre. Inscription ici avant le 15 août
> 1er AMI du métaprogramme CLIMAE
 Le métaprogramme « Agriculture et forêt face au changement climatique : adaptation et atténuation » (CLIMAE) lance son 1er appel à manifestation d’intérêt pour des consortia interdisciplinaires et des projets exploratoires (AMI en deux étapes). Le dépôt des lettres d’intention est possible jusqu’au lundi 13 septembreLes personnes intéressées devront prendre contact en amont avec le métaprogramme (climae@inrae.fr) afin d'obtenir un lien individuel pour le dépôt de leur projet sur LimeSurvey.
 
>Consulter le texte de l’appel
ici
>Plus d’informations sur ce lien


>Tout savoir sur Horizon Europe
The Info Days will be open for participation without prior registration. During the event, prospective applicants and stakeholders of EU research and innovation get information and can ask questions about main funding instruments and the first Horizon Europe calls for proposals.
During the 10 Info Days nine topics will be addressed:
  • 28 June: Infrastructures
  • 29 & 30 June: Digital, industry & space (cluster 4)
  • 30 June: Civil security for society (cluster 3)
  • 1 July: Culture, creativity & inclusive society (cluster 2)
  • 1 July: The Marie Skłodowska-Curie Actions: what is new under Horizon Europe
  • 2 July: Health (cluster 1)
  • 5 & 6 July: Climate, energy & mobility (cluster 5)
  • 7 & 8 July: Food, bioeconomy, natural resources, agriculture & environment (cluster 6)
  • 9 July: European Research Area (ERA) & Widening
Retrouver ici  toutes les offres d'emploi à INRAE  ici. Nous y posterons systématiquement les demandes de l'unité.

Chargé-e de projet pour le pilotage d'un réseau de recherche forêt-bois (Sylvana).


 
Twitter Biogeco
Internet Biogeco