Bonjour à tous,

Christophe

 

Valentin Renaud en BTS anabiotech est accueilli en stage du 1er juin au 31 Aout 2021. L'intitulé de son stage est caractérisation des collections d'Armillaire. Il sera encadré par Cyril Dutech et Gilles Saint-Jean.

> Continuez à contribuer aux ACTU de l'unité. A côté des formats courts que vous connaissez et qui permettent de porter à connaissance toutes les actualités de l'unité que vous souhaitez partager avec un plus grand nombre, nous ouvrons la possibilité de communications plus étoffées qui permettent de creuser un sujet donné. Ouverture par Annabel avec l'édition d'un guide de bonnes pratiques sur l'utilisation des espèces d'arbres exotiques, en vue de limiter leur invasion.

> Merci de finaliser l'enquête concernant l'implication du personnel de l'unité (permanents et non permanents) dans l'enseignement ici. Clôture fin juin.

> Beaucoup de questions sur les concours externes trouveront leurs réponses ici pour INRAE et ici pour UB

>Rappel sur les mission INRAE.
CAS MISSION GIRONDE :

1. Pas de frais = pas d’ordre de mission
2. Frais planifié avant la mission = Ordre de mission + note de frais au retour
3. Frais non prévu avant la mission = Ordre de mission a posteriori + note de frais quand OM validé

 CAS MISSION HORS GIRONDE :

1. Pas de frais = Ordre de mission sans frais
2. Frais (repas, hôtel, train…) = Ordre de mission avec prévisionnel + au retour de mission Note de frais avec frais réel.

Pour plus d'info consulter le mode opératoire disponible sur le GED ici ou contacter secretaires.biogeco@inrae.fr
 

> La biodiversité au coeur des recherches d'INRAE : des diagnostics aux solutions
> EUFORGEN  seminar on the LIFEGENMON Manual for forest genetic monitoring: LifeGEnMon seminar - YouTube
>APA : un sharepoint et un alias (apa@inrae.fr) dédié construit par INRAE
Deux initiatives importantes pour comprendre les enjeux

• FINDING COMPROMISE ON ABS & DSI IN THE CBD : REQUIREMENTS & POLICY IDEAS FROM A SCIENTIFIC PERSPECTIVE
• Maintaining open access to Digital Sequence Information – multilateral benefit sharing and Open Science.

>Comment la sortie en forêt est devenue une valeur refuge avec la Covid-19

>MOOC gestion forestière

> Le retour de la nature sauvage (Harvard Forest)

> séminaire très didactique sur la propagation du SARS-CoV-2 par voie d'aérosol et sur les techniques de sécurisation sanitaire permettant de diminuer le risque de contamination et la circulation du virus.

> Parution de l'ouvrage collectif Protéger l'environnement. De la science à l'action aux Éditions Matériologiques, préfacé par Barbara Stiegler.

Dans les années 1970, l’éthique de l’environnement émerge au sein des philosophies nord-américaines et européennes avec pour proposition de repenser les rapports «humains-nature» dans une optique qui va au delà des seuls intérêts et droits individuels humains. Ce projet de « nouvelle éthique » confronte l’idée alors largement admise par les éthiques occidentales classiques que les entités biologiques et écologiques, comme les animaux non humains, les organismes, les espèces, les communautés écologiques et les écosystèmes, n’ont de valeur morale qu’en vertu de l’usage que peuvent en faire les sociétés humaines. L’institutionnalisation de l’écologie comme science des interactions entre organismes et entre ces organismes et leur environnement naturel, et le recours aux travaux de naturalistes et écologues pour penser la protection des milieux naturels et celle des entités vivantes qui les composent, précèdent cependant de plusieurs décennies le développement d’une philosophie de l’environnement. 
Aujourd’hui, le lien entre éthique de l’environnement et écologie est d’autant plus important que l’écologie informe et marque fortement notre connaissance, conceptualisation, valorisation et relation au monde vivant. Face aux destructions toujours plus massives et dramatiques des milieux naturels, et face à l’évolution des enjeux éthiques et sociopolitiques qui les accompagnent, ce recueil propose, à travers neuf textes inédits de philosophes, écologues et géographe, de mettre à contribution la recherche menée en écologie, en philosophie de l’écologie et en éthique de l’environnement pour y répondre.

> Qualifier l’innovation : pour comprendre les TRL c'est ici.

> Brochure ADEME Forêts et usages du bois dans l’atténuation du changement climatique

> Les publications du réseau AFORCE (Adaptation des Forêts au Changement climatique) c'est ici

Contribution de l'UMR au dossier de presse "La biodiversité au cœur des recherches d'INRAE : des diagnostics aux solutions"
- La forêt amazonienne : une biodiversité phénoménale !
- Réaction en chêne (interview d'Antoine disponible ici)
 

  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB
Projets
 
Quelques exemple de projets en ce mois de juin :

• Du metabarcoding (bactéries, champignons, vertébrés, arthropodes, plantes) sur des échantillons environnementaux dans le cadre d’une collaboration avec le FCBA (coordination Luc Harvengt).
• Du développement de marqueurs microsatellites sur le rosier, espèce polyploïde (jusqu’à 10X !), en collaboration avec Alix Pernet de l’Institut de Recherche en Horticulture et Semences à Angers.
• Du génotypage MassArray pour caractériser des levures œnologiques, en collaboration avec Philippe Marullo de l’ISVV.
• Du séquençage mixte Illumina et Oxford Nanopore Technologies de souches de mycoplasmes, en collaboration avec Pascal Sirand-Pugnet de l’UMR BFP.

 
Recrutement
 
La PGTB recrute pour 24 mois un(e) assistant(e) ingénieur(e) en séquençage haut-débit à partir du 1^er septembre 2021. Plus d’informations ici.
 
Qualité
 
La PGTB passera son audit interne de qualité les 22 et 23 juin, dans le cadre de la certification ISO 9001|NFX 50-900.
 

Rappel: Les informations sur les séminaires à venir sont mis à jour en temps réel sur notre site web Prochains séminaires.

JUIN

Au travers du Schéma Régional de l’Enseignement Supérieur, de la Recherche et de l’Innovation la Région Nouvelle Aquitaine a affirmé son intention de jouer un rôle moteur en accompagnant l’émergence et la structuration de réseaux pluridisciplinaires de recherche reconnus aux niveaux national et international sur des thématiques stratégiques pour son territoire. Cette initiative du Conseil Régional de Nouvelle-Aquitaine s’est traduite par la création récente de plusieurs Réseaux Régionaux de Recherche (R3) dont nous vous proposons un tour d’horizon au travers la présentation.

-Le 4 juin 9h30 : R3 Futurs-ACT sur l’Anticipation du Changement Climatiques dans les Territoires en Transition (https://futurs-act.fr/) par Colin Brown (Université de Bordeaux).

-Le 11 juin 9h30 : R3 Biosena sur la Biodiversité et les Services Ecosystémiques (https://biosena.univ-lr.fr/) par Pascale Garcia (La Rochelle Université) et R3 Sylvana sur la Bioéconomie Forestière par Arnaud Sergent (Inrae).

-Le 25 Juin 9h30 - 10h30 exposé de Cyrille Rathgeber, Chargé de Recherche, Animateur Équipe EcoSilva, UMR SILVA, INRAE Grand Est – Nancy, France
Titre : Écophysiologie de la formation des cernes de croissance des arbres : Concepts, méthodes et applications (en  français)

à venir le 10 sept. R3 R3IA sur l'Intelligence Artificielle (http://r3ia.bordeaux.inria.fr/fr) par Nicolas Roussel.

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Retrouvez l'enregistrement du séminaire sur les Peer Community In, sur le NAS de Biogeco : https://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/, dans : File Station -> BIOGECO -> Réunions.

Nous rappelons que chaque article issus des travaux de l'unité doit être publié en libre accès : (i) via la voie diamant (gratuité totale), (ii) la voie verte (1. auto-archive d'un preprint non évalué par les paires, par exemple dans BIORXIV, 2. archive d'un preprint recommandé par exemple par le modèle des PCI, ou 3. d'un post-print non formaté  accepté dans une revue payante, modulo un embargo de 6 mois, par exemple dans HAL) ou (iii) la voie dorée (via le paiement d'APC le plus souvent). Le schéma suivant illustre les interactions possibles entre voies vertes et dorées.

https://www.openaire.eu/openaire-h2020-fact-sheet-for-researchers-2017

 

Nous sommes évidemment très déçus que l'autre GPR "Tacking Global Change" (dont deux projets auraient alimentés les thèmes 3 et 4 du projet d'unité) n'ait pas été retenu. Un dispositif de soutien (dont nous ignorons à ce jour le contenu) sera néanmoins mis en place pour soutenir certains axes de développement proposés dans ce  GPR.

Co-voiturage
N'oubliez pas de mettre un masque FFP2 en situation de co-voiturage.

Situation de travail isolé
Rappel : Les situations de travail isolée doivent restées exceptionnelles
Procédure : pour chaque situation de travail isolée, une demande d'autorisation via le formulaire disponible sur le GED doit être transmise à Sandrine pour accord de la Direction. Pour chaque situation, il conviendra d'évaluer les risques. N'hésitez à prendre l'attache de l'équipe de prévention pour vous aider. Concernant le travail isolé sur le terrain, des PTI sont disponibles au secrétariat de chaque site. Quant au travail de laboratoire, pensez à communiquer vos coordonnées téléphoniques à un collègue, à prévenir les gardiens ou le PCSI et enfin à respecter les heures d'arrivée et de départ du site.

Auto-tests covid
des autotests déjà disponibles à UB (cf rubrique tutelle) et en cours d'acheminement à INRAE
 

Palahí, M., Valbuena, R., Senf, C. Acil, N., Pugh, T.A.M., Sadler, J., Seidl, R., Potapov, P., Gardiner, B., Hetemäki, L., Chirici, G., Francini, S., Hlásny, T., Lerink, B.J.W. Olsson, H., González Olabarria, J.R., Ascoli, D., Asikainen, A., Bauhus, J., Berndes, G., Donis, J., Fridman, J., Hanewinkel, M., Jactel, H., Lindner, M., Marchetti, M., Marušák, R., Sheil, D., Tomé, M., Trasobares, A., Verkerk, P.J., Korhonen, M., Nabuurs, G.J. (2021). Concerns about reported harvests in European forests. Nature 592, E15–E17

Fernandez-Conradi, P., Castagneyrol, B., Jactel, H., & Rasmann, S. (2021). Combining phytochemicals and multitrophic interactions to control forest insect pests. Current Opinion in Insect Science.

Antonio Gugliuzzo, Peter H. W. Biedermann, Daniel Carrillo, Louela A. Castrillo, James P. Egonyu, Diego Gallego, Khalid Haddi, Jiri Hulcr, Hervé Jactel, Hisashi Kajimura, Naoto Kamata, Nicolas Meurisse, You Li, Jason B. Oliver, Christopher M. Ranger, Davide Rassati, Lukasz L. Stelinski, Roanne Sutherland, Giovanna Tropea Garzia, Mark G. Wright & Antonio Biondi (2021). Recent advances toward the sustainable management of invasive Xylosandrus ambrosia beetles. Journal of Pest Science, 1-23.

Jing, X., Muys, B., Bruelheide, H., Desie, E., Hättenschwiler, S., Jactel, H., ... & Van Meerbeek, K. (2021) Above‐and belowground complementarity rather than selection drives tree diversity‐productivity relationships in European forests. Functional Ecology.

Poeydebat, C., Castagneyrol, B., van Halder, I., Jactel, H. (2021) Changes in host basal area explain associational resistance of mixed forests to primary pests. Forest Ecology and Management, Volume 495
Cet article rédigé par Charlotte Poeydebat lors de son post-doc à BIOGECO, équipe BIODIV, dans le cadre des projets ANR DiPTiCC et REFORM, montre les forêts mélangées de pin maritime et bouleau sont plus résistantes aux attaques de processionnaire du pin et de la pyrale du tronc que les monocultures de pin

Schmitt S, Tysklind N, Derroire G, Heuertz M, Hérault B. 2021. Topography shapes the local coexistence of tree species within species complexes of Neotropical forests. Oecologia.
Ce travail est le deuxième article de la thèse de Sylvain Schmitt, un travail de modélisation qui porte sur les facteurs qui façonnent la niche écologique exploitée par des espèces d'arbres appartenant à des complexes d'espèces à l'échelle de la parcelle en forêt topicale . La thèse de Sylvain a été codirigée par Myriam Heuertz et Bruno Hérault, avec une contribution à l'encadrement de Niklas Tysklind.

Leal BSS, Chaves CJN, Araujo Graciano V, Boury C, Pillaca Huacre LA, Heuertz M*, Palma-Silva C*. 2021. Evidence of local adaptation despite strong drift in a Neotropical patchily distributed bromeliad. Heredity *equal contributions.
Cet article représente le travail fait par Barbara Leal, ancienne étudiante de l'Université de Sao Paulo, lors de son séjour à Biogeco encadrépar Myriam Heuertz, financé entre autre par une mobilité du Labex Cote. Barbara a produit un jeu de données de ddRAD-Seq à la PGTB, où elle était encadrée par Christophe Boury.

Hoban S, Bruford MW, Funk WC, Galbusera P, Griffith MP, Grueber CE, Heuertz M, Hunter ME, Hvilsom C, Kalamujic Stroil B, Kershaw F, Khoury CK, Laikre L, Lopes-Fernandes M, MacDonald AJ, Mergeay J, Meek M, Mittan C, Mukassabi TA, O’Brien D, Ogden R, Palma da Silva C, Ramakrishnan U, Segelbacher G, Shaw RE, Sjögren-Gulve P, Velickovic N, Vernesi C. (2021). Global commitments to conserving and monitoring genetic diversity are now necessary and feasible. Bioscience.
Cet article s'intègre dans une série de travaux visant à faciliter les dispositions de gouvernance internationale concernant la surveillance génétique. Les auteurs représentent plusieurs organisations de conservation de la diversité génétique, dont l'action COST G-BIKE - Genetic Biodiversity Knowledge for Resilient Ecosystems. Un communiqué de presse INRAE Nouvelle Aquitaine accompagne la sortie de l'article https://url.inrae.fr/3fk6rfi.

Faticov, M., Abdelfattah, A., Roslin, T., Vacher, C., Hambäck, P., Blanchet, G., Lindahl, B., Tack, A. Climate warming dominates over plant genotype in shaping the seasonal trajectory of foliar fungal communities on oak. New Phytologist, online. Collaboration avec l'équipe d'Ayco Tack à l'Université de Stockholm.

INRAE

Chaque recrutement en CDD par INRAE doit dorénavant faire l’objet d’une publicité sur INRAEjobs, avec une soumission du profil au moins 1 mois avant le recrutement, ce qui signifie une anticipation de deux mois avant embauche. Cette procédure est dorénavant obligatoire en tant qu'organisme public. La maquette pour la rédaction du profil en français ou en anglais est disponible ici. Passer par Sandrine pour tout recrutement. Sandrine fera le lien avec le service RH du Centre (ba-gesperbx@inrae.fr) pour faire transiter nos offres dans INRAEjobs. Ceci étant dit soyons pragmatique, notamment lorsqu'on prolonge un stagiaire pour quelques mois; inutile d'alourdir la procédure ... c'est déjà assez lourd comme ça.
Voir aussi les bonnes pratiques (sans discrimination) lors d'un recrutement.

CONCOURS INTERNE : inscription du 1er au 30 juin
Attention: avec la réforme des concours internes il n'y a plus d'alternance annuelle entre CIR et CIPP. On passe dorénavant sur des concours internes annuels avec des profils affectés (ex-CIR) et non affectés (ex-CIPP) & des dossiers de candidature simplifiés.

Rappel : pour changer de grade il y a les possibilités suivantes: avancement au choix, SELPRO pour les IR, EXAMEN-PRO pour les TR ; pour changer de corps : promotion au choix, concours interne sur profil affecté via le dépôt d'un BPMP, concours interne sur profil non-affecté.

Plus généralement le guide pour les concours interne est dispo ici

TELE-TRAVAIL
La mise en œuvre de la nouvelle NS sur le TT (2021-15)  est actuellement discutée au sein des équipes et PCM. Elle sera examinée en CU et CoDir en septembre.

BEGES
Tour d'horizon des grands enseignements du premier Bilan des émissions de gaz à effet de serre de l’institut.

UB

> A partir du 18 mai, l'Université de Bordeaux mettra à disposition de tout étudiant accueilli sur le campus, et de tout personnel y travaillant (y compris INRAE) des autotests afin de dépister les personnes qui sont porteuses du virus mais asymptomatiques. Pour en assurer l’efficacité, il est recommandé de réaliser un autotest chaque semaine chez soi, avant sa première venue sur site, par exemple chaque dimanche si l’on vient à l’université le lundi, pendant au moins 5 semaines.
N'hésitez pas visionner le tutoriel vidéo qui explique l'utilisation de ces autotests.  Des documents d’information pratique sont également disponibles.

• Guide d’utilisation de l’autotest nasal dans les établissements d'enseignement supérieur
• Que dois-je faire après mon autotest ?

Point de distribution le plus proche en ce qui nous concerne : Campus Bordes Guichet en loge B, bâtiment B9, Allée Geoffroy Saint-Hilaire Contact : 05 40 00 88 17 Horaires : tous les jours (sauf week-end et jours fériés) de 8h15 à 12h et de 13h30 à 16h30

JUIN

> R3 FUTURS-ACTS
Le 11 juin, ce réseau régional nous invite à une journée interactive qui vise à 

• Discuter  des besoins de connaissances scientifiques nécessaires pour mieux anticiper les changements climatiques, 
• Renseigner sur les possibilités d’engagement dans les activités du réseau, 
• Exprimer des propositions pour les orientations futures du réseau

inscription ici.

> R3 IA
La Commission Permanente de la Région a donné le feu vert pour l’entrée du Réseau de recherche régional "Intelligence Artificielle" dans sa phase d’amorçage. Un mini-événement de lancement du réseau sera probablement organisé le vendredi 2 juillet après-midi (15h30 - 17h30), dans le cadre de la conférence PFIA. Simon nous tiendra au courant des détails courant juin.


> FOREM 
mardi 15 juin 2021, en visioconférence
Vos propositions de présentation (titre, auteurs et affiliations) ici
Inscription avant le 12 juin

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A venir pour la rentrée :

-Le premier colloque du réseau d’animation scientifique RisqFor d’ECODIV sur l’Évaluation et la gestion des risques en forêt aura lieu 20 au 22 octobre 2021 à Nancy.

-6e colloque de Génomique environnementale à Tours du 27 au 29 octobre 2021

- Technological advances: producing and analyzing genomic data
- Ancient DNA and paleo-environments
- Genomics of biological interactions
- Genomics of domesticated plants and animals and their microbiota
- Exploring ecosystems using metagenomics
- Monitoring of ecosystems functioning and health
- Exploring diversity and evolution of life

Le colloque Phyllosphere Fortnight 2021 se déroulera du 16 au 28 juillet, les inscriptions sont ouvertes (https://phyllosphere.ucdavis.edu/fortnight2021/). Marine Cambon présentera les résultats de son post-doc effectué à Biogeco dans un exposé intitulé "Biomonitoring of Forest Ecosystems: Foliar Endophytes are Bioindicators of Chronic Water Stress in Oaks".