Lettre de BIOGECO                      N° 113 Mars 2021
Edito

Bonjour à tous,

Après un mois de février pluvieux et tristounet, ça sent bon le printemps.
A Pierroton, à Pessac et dans nos différents sites expérimentaux, les arbres sont en fleur ou  commencent à débourrer, les jonquilles et narcisses pointent leurs pétales dans la vallée du Ciron, et dans la forêt de l'Observatoire de Floirac des capteurs de tous genres vont bientôt sortir du sous-bois. De nouveaux projets vont également  débuter dans les équipes et les pôles, et d'autres seront peut-être initiés dans le cadre du nouveau météogramme BIOSEFAIR!
Nous accueillons ce mois-ci de nouveaux stagiaires et agents contractuels à qui nous souhaitons la bienvenue dans notre collectif. Nous nous efforçons d'accueillir au mieux ces différents collègues, qui arrivent malheureusement dans des locaux très peu habités, gestes barrières et distanciation physique obligent! Il est d'autant plus important de maintenir les liens entre nous! Dans ce cadre, n'oubliez pas de signaler sur le NAS les jours où vous exercez votre activité en télétravail.
Pour rappel : Des précisions ont été apportées aux consignes de prévention en situation épidémique de COVID-19 portant notamment sur la tenue de réunion en présentiel, les délais de confinement et la définition d’un cas contact à risque.
 
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Télécharger le guide de prévention, INRAE mis à jour en date du 17/02/2021.
 
Enfin plusieurs animations de l’unité ou du département ECODIV sont proposées en mars, ainsi que beaucoup de lecture (cf les nombreuses publis de février, et le résultat de l'atelier de réflexion prospective "Risques naturels").

Bref, nous allons être encore bien occupés ce mois ci ! et je souhaite à toutes et tous un bon et joli mois de Mars!

Cécile
Sommaire
 

La photo du mois : Alexis Ducousso)
La jonquille (Narcissus pseudonarcissus) fait partie des premières floraisons printanières. La jonquille est assez rare dans la région sauf dans les Pyrénées où elle est abondante. Elle est présente dans la vallée du Ciron sur la commune de Lerm-et-Musset. Sa niche écologique est originale car elle varie selon les régions : forêts sur sols calcaire en Bourgogne, Lorraine et Franche-Conté, prairies acides dans les Vosges, tourbières acides dans le Morvan, forêt sur limons fertiles dans les Hauts-de-France sauf à Chantilly. Cette floraison très précoce lui vaut le statut de vernal. Une vernale est une espèce des sous-bois qui réalise son cycle végétatif et reproducteur avec le déploiement complet de la feuillaison. Cela lui permet d'accéder à la lumière.
Dans le cadre de SEEFOREST, nous allons inventorier les vernales dans la vallée du Ciron courant mars ce qui explique la présence de cette photo dans la lettre de BIOGECO. Nous aurons peut-être la chance de la rencontrer sur une des placettes.
Actuellement, vous pouvez voir qui lui ressemble la trompette de Méduse (Narcissus bulbocodium) qui est une espèce présente sur le plateau landais, le Piémont Pyrénéen et la Péninsule Ibérique. Elle est présente sur le domaine de Pierroton notamment autour de la station météo. Ici elle eput sembler commune mais au niveau européen, c'est une espèce rare.

 

(en distanciel https://global.gotomeeting.com/join/249451525)

>1er mars (9h-17h) : Assemblée Générale. Présentation disponible sur le GED
>8 mars (9h30-12h) : Conseil d'Unité
>15 mars (13h30-16h30) : Comité de Direction

Arrivées
A l'attention des nouveaux arrivants : le guide d'accueil Biogeco est disponible sur le GED.

Rosalia Pineiro
rejoindra Biogeco de mars à décembre, en tant que postdoc financée par le département ECODIV. Elle travaillera sur le fardeau génétique et la sélection négative sur des données génétiques de plusieurs systèmes ligneux et sera encadrée par Santiago González-Martínez, Myriam Heuertz (BIOGECO) et Ivan Scotti (URFM).

Alice Bedani est arrivée à Biogeco le 1er février pour un CDD de 8 mois. Dans le cadre d’un projet de Frédéric Danjon et Céline Meredieu (GIS Pin Maritime), Alice mesure l'architecture des systèmes racinaires de pins maritimes semés âgés de 8 ans avec 4 intensités de labour avec Raphaël Ségura ou Frédéric, les deux premiers mois de son contrat. Dans les six mois suivants, elle participera à mi-temps au projet REGINA (équipe GEMFor) et aux activités du pole OEL.
 
Lisa Eichenlaub débute son stage de fin d’étude d’ingénieure (AgroParisTech Dijon) lundi 1er mars, encadré par Cécile Robin. Il portera sur l’étude des interactions hôte x agent pathogène chez Quercus spp.


Florian Delecroix, étudiant Master 2 « Aménagement du territoire et télédétection », effectue son stage de fin d’études à BIOGECO du 1er mars au 13 août sur le site de Pierroton. Dans le cadre du projet TEMPOSS, en collaboration avec les UMR IMS (INP Bordeaux) et TETIS (INRAe Montpellier), il va étudier le potentiel des images satellitaires Sentinel pour le suivi de la santé des forêts en général et les dégâts dus aux scolytes dans les peuplements résineux en particulier. Il est encadré par Thierry Bélouard.

Départ

Laure Dubois, nous quitte en cette fin du mois de février. Un grand merci Laure pour tout ce que tu nous a apporté. Ce fut un immense plaisir de travailler avec toi.

> A tous le personnel permanent et non-permanet de BIOGECO: merci de remplir le fichier de présence sur site (Cestas ou Pessac, TT, congé, absence, DPSE...)  disponible sur le NAS SYNOLOGY pour tous les jours du mois de mars. Il permet à chaque instant de connaitre le taux d’occupation dans nos locaux et facilitera la gestion de cas contacts éventuels.

> Pratix UEFP est de nouveau ouvert en écriture du  24 février au 26 mars 2021  inclus. Vous pouvez y enregistrer vos demandes concernant la période allant de début avril  à fin septembre 2021.

> Du 2 au 19 mars inscrivez-vous sur le NAS pour participez à un ou plusieurs groupes de travail pour mettre en place des actions " Développement Durable " au sein de l'unité.

Les travaux sur la forêt urbaine de Bordeaux prennent leur envol cette année, avec les premières mesures sur la forêt du site de l'Observatoire de Floirac de l'Université de Bordeaux. Les premiers équipements météorologiques seront installés au printemps, pour suivre le microclimat dans le bois urbain. Nous caractériserons la dynamique des bois en analysant leur diversité spécifique et leurs capacités de régénération.  Nous déterminerons aussi la vulnérabilité à la sécheresse d'espèces clés de la forêt urbaine de Bordeaux. Ces collaborations débuteront en mars, jusqu'à l'été, et impliqueront Annabel Porté, Patrick Léger, Mark Irvine (UMR ISPA), Régis Burlett, Xavier Bouteiller, Raphaël Ségura et Sylvain Delzon, ainsi que plusieurs stagiaires : Maëlle Boyer (M2, Univ. Bordeaux, mars-août), Vanina Agache (avril-mai, M1, Univ. Toulouse), Arthur Abeihlou (avril-juin, L3, Univ. Poitiers) et Evan Castillo (mai-juillet, L3, Univ. Rouen).


Des nouvelles de l'Infrastucture In-Sylva France.
Le dossier pour répondre à la campagne d'actualisation de la feuille de route des infrastructures de recherche a été rendu fin février. En vu de cette échéance, le
DOI de cet infrastructure (a laquelle sont associés de nombreux services in situ in lab & in silico portés par l'unité) a été créé. L'enjeu de cette campagne est le renouvellement de cette labellisation et donc le soutien par le ministère de la recherche jusqu'en 2022.


Sophie Gerber participe le 30 mars à 13h à une table ronde virtuelle en direct  « Pourquoi philosopher sur le végétal ? » dans le cadre du 12ème printemps des sciences humaines et sociales (reporté) de la Maison européennes des sciences de l'homme et de la société de Lille (https://www.meshs.fr/page/pshs2021) , organisée par Constance Bienaimé. Avec Quentin Hiernaux, Université libre de Bruxelles, Jean-Luc Guichet, Université de Picardie. 

>L'Atlas de la terre
> La fabrique de l'ignorance
> Dans la peau d'un arbre
> Formation en Sciences du bois
-BSA: Formation d'ingénieur Agronome - Spécialisation Foresterie ; site web et  présentation de la formation
-Université de Montpellier : Ouverture du Master Sciences du bois en septembre 2021

  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

Projets
 
Quelques exemples de projets en ce mois de mars :
 
- De la droplet digital PCR pour quantifier les spores d’espèces responsable des quatre principales maladies cryptogamiques de la vigne : mildiou (Plasmopara viticola), oïdium (Erysiphe necator), black rot (Guignardia bidwellii) et pourriture gris (Botrytis cinerea), en collaboration avec Antonin Douillet de l’UMR SAVE dans le cadre du projet VISA.
- Du metabarcoding avec Marylise Marchand dans le cadre de sa thèse sur l’épidémio-surveillance de l'encre du châtaignier en France.
-  Du séquençage de levures et souches bactériennes pour les collègues de l’iSVV (Olivier Claisse et Philippe Marullo).
-  Du SSR-Seq sur la mouche des fruits, dans le cadre du projet NGB (Biosurveillance Next-Gen des changements dans la structure et le fonctionnement des écosystèmes), en collaboration avec Virginie Ravigné et Benoît Facon, de l’UMR PBVMT à La Réunion.
 
 
Un immense merci à Laure pour les mois passés au sein de PGTB, en espérant que cette pause ne soit que temporaire !

 

>Les développements technologiques menés autour de la mesure optique de la résistance à la cavitation des espèces à vaisseaux longs, nous permet d'explorer la variabilité de résistance à la sécheresse des plantes, comme nous venons de le démontrer chez le chênes américains (cf section publication).

>La PF participera au projet SENSOR (Survie et rEproductioN sous Stress hydrique au sein d'une zOne hybRide - Pauline Garnier-Géré et Camille Lepoittevin) financé par le département ECODIV dans le cadre des paris scientifiques. La plateforme interviendra dans l'acquisition des données de spectrométrie proche infrarouge et le développement de modèles de prédiction des performances (croissance, survie et reproduction) de chênes.
ECODIV
12 mars. Ateliers du département INRAE ECODIV "ECODIV et la société"
. Nous vous invitons à vous inscrire avant le 8 mars 2021.  

Vendredi 12 mars de 9h à 12h. : ECODIV et l’appui aux politiques publiques => inscription sur ce lien 
Vendredi 12 mars de 9h à 12h. : ECODIV et les Sciences et recherches participatives " => inscription sur ce lien 

Un autre atelier est programmé le 9 avril (et non plus le 2 avril)

BIOGECO
19 mars. 9h30-10h30 Guillaume Ravel
(exposé en français).
Titre: Combining experimental imaging of swimmers with mathematical modelling to perform realistic numerical simulations : two study cases
Lien de visioconférence :
https://global.gotomeeting.com/join/764523341. Code d'accès : 803-634-877

26 mars. 9h30-10h30 François Ehrenmann et Philippe Chaumeil (exposé en français). Titre: Déploiement d'une nouvelle application de gestion des groupes d'échantillons et des équipements de l'unité.

Lien de visioconférence : https://global.gotomeeting.com/install/803634877
Code d'accès : 803-634-877

> Le projet "Interactive effects of deforestation and climate change on neotropical freshwater ecological networks and ecosystem multifunctionality (INTERACTIF)" vient d'être financé par le Labex CEBA. Il est porté par Céline Leroy (AMAP). Corinne Vacher (Biogeco) et Heidy Schimann (EcoFog, en attente de mobilité à Biogeco) y contribuent.
 
> En parallèle du projet
PPR VITAE ("Cultiver la vigne sans pesticide"), un projet de post-doctorat intitulé "Recherche de bioindicateurs microbiens de la santé et de la résilience de la vigne" sera financé par la société Moët Hennessy. Le post-doctorant commencera fin 2021 et sera encadré par Corinne Vacher (Biogeco) et François Delmotte (Save).

> Soutien à la
mobilité internationale (DRI, INRAE)

Phylogeography of the genus Carapa in the lowlands of the Amazon and the influence of polyembryony on its diversification. CAMPOS AMOÊDO Semírian (coord. Myriam Heuertz)

> Trois paris scientifiques retenus cette année par le département ECODIV:
  • Inférence de la dispersion d’un pathogène de quarantaine, le nématode du pin (Bursaphelenchus xylophilus), à partir de la structuration génétique d’une espèce sœur indigène (Bursaphelenchus mucronatus) (Laure Villate)
  • Survie et reproduction sous stress hydrique au sein d’une zone hybride artisanale entre chênes (Pauline Garnier-Géré, Camille Lepoittevin)
  • Haploid Cupressus sempervirens: a new model reference genome to unify the conifers (Christian Pichot, Christophe Plomion)
Retrouvez les bilans de 2020 sur le GED.

Robert P Skelton, Leander DL Anderegg, Jessica Diaz, Matthew M Kling, Prahlad Papper, Laurent J Lamarque, Sylvain Delzon, Todd E Dawson, David D Ackerly, Evolutionary relationships between drought-related traits and climate shape large hydraulic safety margins in western North American oaks,

Cet article a été initié dans le cadre de 2 projets portés par Laurent Lamarque et Sylvain Delzon - Le premier avec l'Université de Berkeley en Californie (France-Berkeley fund) et le second avec l'université de Stanford (Thomas Jefferson Grant). - afin d'étudier la réponse des chênes californiens à la sécheresse et dans un 2eme temps (toujours en cours) le dépérissement des séquoias (redwood). 

Hernán Serrano-León, Anssi Ahtikoski, Johan Sonesson, Bruno Fady, Marcus Lindner, Céline Meredieu, Annie Raffin, Sandrine Perret, Thomas Perot, Christophe Orazio, From genetic gain to economic gain: simulated growth and financial performance of genetically improved Pinus sylvestris and Pinus pinaster planted stands in France, Finland and Sweden, Forestry: An International Journal of Forest Research, 2021;
Ce travail a été réalisé avec l'IEFC dans le cadre du projet GENTREE. Des scénarios sylvicoles ont été simulés avec le modèle de croissance pour le pin maritime sous Capsis. Nous avons calculé l'impact de l'utilisation de matériels génétiques améliorés ; ressources génétiques disponibles pour le pin maritime grâce au programme d'amélioration du GIS GPMF mené par Annie Raffin.


De Frenne P, Lenoir J, Luoto M, Scheffers B, Zellweger F, Aalto Juha, Ashcroft M, Christiansen D, Decocq G, De Pauw K, Govaert S, Greiser C, Gril E, Hampe A, Jucker T, Klinges D, Koelemeijer I, Lembrechts J, Marrec R, Meeussen C, Ogee J, Tyystjarvi V, Vangansbeke P, Hylander K. (2021) Forest microclimates and climate change: importance, drivers and future research agenda. Global Change Biology 27.
Ce review sur le microclimat en forêt est le résultat d'un petit workshop interdisciplinaire organisé juste avant le premier confinement covid.

Sahraoui Y., De Godoy Leski C., Benot M-L., Revers F., Salles D., van Halder I., Barneix M., Carassou L.(2021). Integrating ecological networks modelling in a participatory approach for assessing impacts of urban planning scenarios on landscape connectivity. Landscape and Urban Planning, 209, 104039.

Première publication interdisciplinaire issue du projet Biodivercité#1 qui réunit, en plus de Biogeco, géographe (Y. Sahraoui, ex-postdoc de l'équipe ETI du LabEx COTE qui a été l'acteur principal de cette publi), sociologue, écologue des milieux aquatiques ainsi que l'observatoire FAUNA. L'objective de ce travail fut d’évaluer l'impact de plusieurs scénarii d'évolution de l'urbanisation au sein de Bordeaux Métropole sur les réseaux écologiques par une approche participative mêlant des acteurs du monde de la recherche et des parties prenantes. La modélisation des réseaux écologiques s'est notamment basée sur une approche multi-espèce dans laquelle Biogeco a été largement impliquée.


Strukelj, M., Parker, W., Corcket, E., Augusto, L., Khlifa, R., Jactel, H., & Munson, A. D. (2021). Tree species richness and water availability interact to affect soil microbial processes. Soil Biology and Biochemistry, 108180.

Nunes, P., Branco, M., Van Halder, I., & Jactel, H. (2021).
Modelling Monochamus galloprovincialis dispersal trajectories across a heterogeneous landscape to optimize monitoring by trapping networks. Landscape Ecology, 1-11.

Jactel, H., Imler, J. L., Lambrechts, L., Failloux, A. B., Lebreton, J. D., Le Maho, Y., ... & Grandcolas, P. (2020).
Insect decline: immediate action is needed. Comptes Rendus. Biologies, 343(3), 267-293.

Martin-Blangy, S., Charru, M., Gérard, S., Jactel, H., Jourdan, M., Morin, X., & Bonal, D. (2021).
Mixing beech with fir or pubescent oak does not help mitigate drought exposure at the limit of its climatic range. Forest Ecology and Management, 482, 118840.

Altinalmazis-Kondylis, A., Muessig, K., Meredieu, C., Jactel, H., Augusto, L., Fanin, N., & Bakker, M. R. (2020).
Effect of tree mixtures and water availability on belowground complementarity of fine roots of birch and pine planted on sandy podzol. Plant and Soil, 457(1), 437-455.

Pardos, M., del Río, M., Pretzsch, H., Jactel, H., Bielak, K., Bravo, F., ... & Calama, R. (2021).
The greater resilience of mixed forests to drought mainly depends on their composition: Analysis along a climate gradient across Europe. Forest Ecology and Management, 481, 118687.


Cleary M., Blomquist M., Marchand M. et Witzell J. (2021). Oomycetes in rhizosphere soil of ornamental plants from retail nurseries in Southern Sweden. Forest Pathology.
 
Lesieur V. Farinha A.O (2021). Responses of native egg parasitoids to the invasive seed bug Leptoglossus occidentalis

Tiange Lang, Pierre Abadie, Valérie Léger, Thibaut Decourcelle, Jean-Marc Frigerio, Christian Burban, Catherine Bodénès, Erwan Guichoux, Grégoire Le Provost, Cécile Robin, Naoki Tani, Patrick Léger, Camille Lepoittevin, Veronica A. El Mujtar, François Hubert, Josquin Tibbits, Jorge Paiva, Alain Franc, Frédéric Raspail, Stéphanie Mariette, Marie-Pierre Reviron, Christophe Plomion, Antoine Kremer, Marie-Laure Desprez-Loustau, Pauline Garnier-Géré. High-quality SNPs from genic regions highlight introgression patterns among European white oaks (Quercus petraea and Q. robur) (2021), bioRxiv, 388447, ver. 4 peer-reviewed and recommended by Peer Community In Forest and Wood Sciences.
Article issu d'un projet collaboratif de reséquençage allélique chez les chênes, qui synthétise le développement d'outils bioinformatiques et de données SNPs facilement exploitables, et qui ont été largement utilisés ces 10 dernières années par les membres de l'UMR BIOGECO. Premier article de l'UMR recommandé par l'initiative Peer Community In.
 
Jaroslav Klápště, Antoine Kremer, Kornel Burg, Pauline Garnier-Géré, Omnia Gamal El-Dien, Blaise Ratcliffe, Yousry A. El-Kassaby,  Ilga Porth. Quercus species divergence is driven by natural selection on evolutionarily less integrated traits. (2020) Heredity

Publication issue d'une collaboration avec Jarolav  Klápště et Ilga Porth qui avait fait plusieurs séjours à Biogeco pendant et après sa thèse, qui réanalyse des données collectées lors du projet Européen OAKFLOW coordonné par A. Kremer, en s'intéressant à l'héritabilité in situ, aux corrélations et à l'intégration phénotypique de traits foliaires plus ou moins discriminants entre chênes, et à ce que cela nous apprend sur les pressions de sélection ayant conduit à la divergence entre espèces.
 
Brousseau, L., Garnier-Gé, P., Clement, C.R., 2020. Historical genomics. In: Odonne, G., Molino, J.-F. (Eds.), Methods in Historical Ecology: Insights from Amazonia. Routledge, London & New York, pp. 104–111.

Chapitre d'un livre de concepts, méthodes et cas d'études sur l'Ecologie historique en Amazonie, qui propose une définition intégrative du domaine émergent de la génomique historique.  
INRAE

> A compter du 1er Mars Lise Poulet prend le poste de Chargé de Mission Développement Durable du Centre INRAE Bordeaux Nouvelle Aquitaine, et sera notre point d’ancrage pour le développement de nos activités DD d’unité.

 
>Liste des nouveaux métaprogrammes disponible ici.

>Le métaprogramme Biosefair "Favoriser la biodiversité et renforcer les réseaux de services écosystémiques" vous propose sa  première lettre d’information
ici. Vous y trouverez notamment le lien vers le programme et l’inscription pour le séminaire de lancement de Biosefair qui aura lieu le 8 mars à 14 h.

>Cinq Prospectives scientifiques interdisciplinaires disponibles
ici.

> Ateliers du département INRAE ECODIV "ECODIV et la société" (12 mars)
  • Appui aux politiques publiques => inscription sur ce lien avant le 8 mars
  • Formation et enseignement =>  inscription sur ce lien avant le 8 mars
  • Sciences et recherches participatives => inscription sur ce lien avant le 8 mars

>Vous savez qu'avec votre email UB vous pouvez créer un compte sur ZOOM (https://zoom.us/fr-fr/meetings.html) pour bénéficier de la licence de l'Université. Il en sera de même via INRAE pour tout le personnel vers mi-mars. Par ailleurs, la DSI INRAE est en train de déployer BigBlueButton. BBB permet l'organisation de visioconférences, réunions, webinaires en interne mais aussi avec des participants externes. Aux fonctionnalités de base que sont le partage son, caméra, fenêtre de son écran ou document, la discussion publique ; s'ajoutent la possibilité d'enregistrement des sessions, l'écriture collaborative synchrone de notes, le partage de documents (tableaux "blancs" participatifs et téléchargement), le visionnage de vidéos externes, les sondages instantanés, la création de sous-salles. Une session de démonstration est prévue le 11/03 à 12h30 suivre ce lien
> Présentation de l’Atelier de Réflexion Prospective (ARP) « Risques naturels alimentaires et environnementaux »

> Le GDR « Sciences du Bois » repart pour un troisième cycle. Après 10 ans de bons et loyaux services, Joseph Gril passe la main à Eric Badel et Myriam Chaplain. L’objectif est de fédérer, rapprocher, les acteurs de la recherche et de la filière foret-bois dans une approche volontairement très pluridisciplinaire avec des actions collaboratives, des Ecoles Chercheurs, des journées scientifiques, des Groupes de Travail (sur une multitude de sujets), de communication, de formation.
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site web
-compte Twitter : @GdRBois
-abonnement à la liste de diffusion

 
Un appel à Bourses de Thèses est ouvert au Labex CEBA, avec date butoir le 5 avril.
Deux profils ouverts pour BIOGECO au concours externe INRAE 2021 : IE pathologie forestière et CRCN écologie de la restauration. Merci de faire de la pub au sein de vos réseaux !
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