Lettre de BIOGECO                      N° 111 Janvier 2021
Edito
Bonjour,
Pour ce dernier numéro de l'année, nous avons souhaité ouvrir notre édito aux deux Chantal et à Marie-Laure. C'est toujours une grande émotion de voir des collègues partir à la retraite. Nos trois collègues auront  marqué durablement l'unité de leur empreinte. Nous leur sommes infiniment reconnaissants pour toutes ces années passées à nos côtés et attendons avec impatience de fêter leur départ plus festivement  lors d'un moment de convivialité en 2021.


>40 ans presque jour pour jour après avoir fait mon entrée à l’INRA, je vais « quitter la maison ».* Je mesure la chance d’avoir pu pendant toutes ces années exercer le métier auquel j’osais à peine rêver, un métier qui m’a tant apporté (combler ma curiosité en biologie, faire de belles rencontres, voyager, …) et dont j’espère avoir été à la hauteur dans ma mission de service public. Les années à Biogeco, au sein d’une communauté scientifique et humaine remarquable ont été particulièrement agréables et stimulantes. Merci à vous tous, avec qui j’ai travaillé ou simplement échangé. Je pense aussi à tous ceux qui sont déjà partis. Je vous souhaite à tous, permanents ou de passage, le meilleur pour vos projets en cours et futurs. Amitiés, Marie-Laure
*Je ne suis pas complètement partie. Certains projets se poursuivent… Je viendrai donc encore de temps en temps (en principe je devrais avoir le statut officiel de « chargée de mission »). J’espère bien vous dire au revoir de vive voix et pas seulement derrière mon ordinateur quand les jours seront meilleurs!


> Aux termes de cette année atypique, je quitte mon poste de gestionnaire occupée depuis onze ans afin de saisir une nouvelle opportunité, la retraite. J’ai apprécié de travailler au sein d’un collectif dynamique et bienveillant envers moi qui m’a permis de découvrir un univers que je ne connaissais pas. En attendant de pouvoir vous dire au revoir en présentiel, je vous souhaite le meilleur dans votre vie professionnelle et personnelle. Chantal B

> Juste quelques mots pour donner de mes nouvelles, pour moi tout ce passe pour le mieux. La COVID a décidé de ne pas passer par chez nous jusqu'à présent, et nous souhaitons qu'elle continue, si nous sommes normalement hospitaliers pour elle ce n'est pas le cas, nous serions même plutôt des sauvages. Je n'ai pas encore trouvé le temps de m'ennuyer, bien au contraire. J'ai enfin le temps de m'occuper de mon jardin, j'ai même mis les fèves pour avoir les primeurs hummmmm. J'ai aussi fait mon allée de lavande comme j'en avais envie depuis longtemps, je sais c'est grand chose mais juste 40 petits pieds dans la première partie de l'allée puis thym, romain et fleurs  dans l'autre partie (l'allée ne fait qu' environ 60 m de long). Voili voila je suis en pleine forme, je vous souhaite à tous d'arriver enfin à la retraite pour avoir le temps de vivre autre chose avec le même bonheur que celui pris pendant les années de vie active enfin c'est ce qu'on prétend parce que je continue à avoir une vie active, elle est juste un peu différente et encore un peu retenue tout de même à cause des évènements mais bon au moins je stresse pas. Prenez bien soin de vous. Chantal HB


Bonne fêtes de fin d'année
Prenez soin de vous,
Cécile, Sandrine, Manu, Christophe
Sommaire
 

La photo du mois : (© Myriam Heuertz) Couronne d’un arbre d’Eschweilera coriacea avec plantes épiphytes, forêt guyanaise, octobre 2020

Janvier
5.01.  9h-12h - Accueil des nouveaux en distanciel

11.01 9h-12h - Accueil des nouveaux en présentiel sur nos deux sites, en présence des encadrant.e.s

18.01 Conseil d'Unité en distanciel 9h30-12h

22.01 Animation S&T. "Anticiper les dynamiques forestières dans des climats futurs : sociologie de la fabrication des modèles et des données" par Antoine Dolez


25.01 Comité de Direction en distanciel 13h30-17h30 (travail sur les questions du comité de visite du HCERES)

Février
02.02 & 03.02. Echanges en distanciel  avec le comité de visite du HCERES (discussion scientifique et interaction avec les différentes catégories du  personnel). Nous recommandons à chaque catégorie de s'auto-organiser en janvier pour bien préparer cet entretien.

Mars
01.03  Assemblée Générale

Arrivées
 

Amaia Lako commence en début d'année un stage de M2 de 6 mois avec Nicolas Fanin (ISPA) et Bastien Castagneyrol (BIOGECO) sur le sujet "Independent and interactive effects of plant genotype, insect herbivory and home field advantage on oak leaf decomposition rate" dans le cadre d'un projet émergent avec Virgil Fievet et Benjamin Brachi.
 

Bérangère Curtit sera parmi nous dès le 4 janvier en CDD technicien financé par l'Université de Bordeaux jusqu'à la fin aout 2021 en remplacement de Chantal Hélou-Bagate partie à la retraite cet automne. Elle sera basée au B2 à Pessac et intégrera l'équipe ECOGERE et le PCM EOL

 

Domitille Coq-Etchegaray a commençait sa thèse au 1er décembre. Elle est intitulé "Déterminisme génétique de la variation des métabolites spécialisés en lien avec les interactions biotiques chez une plante de grande culture et une espèce forestière dominante". Elle sera encadrée par Benjamin Brachi, Christophe Plomion et Thierry Langin (UMR GDEC).

Guillaume Ravel rejoindra l'équipe Pléiade le 04/01 pour un post-doc de 10 mois sur l'inférence de modèles de marche aléatoires à partir d'images (financement MathNum). Spécialisé en mathématiques appliquées et calcul scientifique, Guillaume traitera des vidéos issues de microscopie confocale pour calibrer des modèles reproduisant le déplacement de bactéries nageuses. Il utilisera ensuite ces modèles pour identifier des cocktails de bactéries optimisant la diffusion de biocides dans des biofilms. Ces méthodes pourront être également déployées sur d'autres systèmes impliquant des marcheurs aléatoires et de la diffusion.

Soizic Rossetti, issue du M2 BFT de Bordeaux sera accueillie de janvier à juin et son sujet de stage est Inférence de la dispersion d’un pathogène de quarantaine, le nématode du pin (Bursaphelenchus xylophilus), à partir de la structuration génétique d’une espèce soeur indigène (Bursaphelenchus mucronatus).

Adélaïde Théraroz, étudiante du Master Biodiversité et fonctionnement des écosystèmes terrestres, effectuera son stage de M2 sous la supervision de Myriam Heuertz et de Santiago González-Martínez, de janvier à juin 2021. Elle travaillera sur génétique des populations d'espèces d'arbres amazoniens rares vs. abondantes du genre Eschweilera, dans le cadre du projet Labex CEBA RARETREE.

Elena Valdés Correcher revient en post doc' pour au moins 20 mois sur le projet Tree Bodygyuards -- https://www.youtube.com/watch?v=qZogB38sAGM

L’équipe GEMFOR accueille en janvier  Tatiana Allery , étudiante en master 2 (BPAS) , pour un stage de 6 mois. Encadrée par Marylise et Cécile, son sujet de recherche porte sur la compétence des châtaigniers et autres plantes hôtes de Phytothora cinnamomi.


Départs

Marine Cambon (équipe Biodiv) a terminé son contrat à Biogeco mi-décembre. Elle partira ensuite au Pays de Galles (Université de Bangor) pour un post-doctorat de deux ans au cours duquel elle élucidera le rôle du microbiome dans le dépérissement aigu du chêne (Acute Oak Decline, AOD) en Grande Bretagne.


> Les relevés de conclusion succincts des réunions du CHSCT du centre INRAE sont disponibles  ici.

> Télétravail INRAE : pour toutes vos demandes (nouvelle ou renouvellement), vous devez indiquer Sandrine comme contact.

> voici le calendrier du comité de visite du HCERES

2 février:
09h00     Présentation du comité d’experts et présentation des enjeux de l’expertise Hcéres par le Conseiller scientifique (15’)

    Auditoire : toute l’unité , tutelles
 
9h20     Présentation du projet de l’unité par Christophe Plomion, porteur du projet d’unité pour la période 2022-2026

        Auditoire : toute l’unité, tutelles
 
10h00    Discussion générale du comité sur le projet ; questions sur le bilan et le projet (60’ discussion)

    Auditoire : toute l’unité, tutelles
 
11h00    Pause (15-20’)

11h20    Présentation du « champ » (Département Sciences de l’Environnement) de l’Université de Bordeaux) par  le.la représentante de l’Université de Bordeaux, responsable du « champ » (10’ exposé, 15’ de discussion)

    Auditoire : toute l’unité, tutelles

11h45    Huis-clos du comité – débriefing (visioconférence gérée par le Conseiller Hcéres)

12h00    Pause

Présentation des projets de thèmes

Auditoire : toute l’unité, tutelles
13h45    Thème 1 : Étudier l’histoire évolutive et la réponse des espèces et communautés aux changements globaux, Benjamin Brachi et Myriam Heuertz
14h10    Thème 2 Comprendre et prédire les phénotypes complexes
Jean-Marc Gion et Annabel Porté
14h35    Thème 3 Comprendre la dynamique et le rôle fonctionnel de la biodiversité
Arndt Hampe et Hervé Jactel
15h00    Thème 4 Comprendre la dynamique et le fonctionnement des socio-écosystèmes pour la gestion, la conservation et la restauration de la biodiversité
Emmanuel Corcket et Frédéric Revers
15h25    Projet Structurant Émergence du nématode du pin : anticipation et gestion d’un enjeu sanitaire majeur par Cécile Robin et Marc Kleinhentz

15h25    Pause

16h00    Entretien à huis-clos avec les personnels d’appuis à la recherche, ingénieurs, techniciens et administratifs (90’)

 Auditoire : membres du comité & conseiller Hcéres uniquement

17h30    Débriefing du comité (30’)
 
18h00     Fin de journée


3 février:

8h45    Entretien à huis-clos avec les chercheurs et enseignants-chercheurs (60’)

Auditoire : membres du comité & conseiller Hcéres uniquement

9H45    Entretien à huis-clos avec les doctorants, post-doctorants et CDD (60’)
    Auditoire : membres du comité & conseiller Hcéres, uniquement

10h45    Pause

Visioconférence gérée par le Conseiller Hcéres
11h00    Entretien à huis-clos avec les représentants des tutelles (40’)

    Auditoire : membres du comité & conseiller Hcéres, uniquement

11h40    Entretien à huis-clos avec la direction actuelle de l’UMR et le porteur du projet (45’)
    Auditoire : membres du comité & conseiller Hcéres, uniquement

12h30    Pause

13h30    Réunion du comité à huis clos, travail sur le rapport
18h00    Fin de la visite
>Félicitations à Florence, Inge et Raphaël  (par ordre chronologique du concours) pour leur réussite au concours interne de promotion sur place. 2020: un excellent millésime pour les CIPP INRAE à biogeco.

>Félication à Alice pour sa promotion en TRSUP.

> Bravo à Sylvain, pour la 3ème fois consécutive au palmarès des chercheurs les plus cités.

> Inge a été nommée au conseil de gestion du département ECODIV.

> La soutenance de thèse de Sylvain Schmitt s'est très bien déroulée par visio et rediffusion en direct sur youtube live, avec jusqu'à 150 personnes connectées lors de la présentation de l'exposé. Sylvain a fait une présentation très claire et didactique et a démontré son excellente maîtrise de son sujet multidisciplinaire et le jury lui a attribué le titre de Docteur de l'Université de Bordeaux. La proclamation était suivie d'un moment convivial de félicitations en distanciel. 


> Une première session de formation pratique drone s'est déroulée du 16 au 18 novembre, on reconnaît derrière les masques, Audrey Albet (UEFP), Yannick et Raphaël . Deux autres sessions se dérouleront en décembre, un total de 9 pilotes seront formés, appartenant aux unités UEFP, ISPA, BFP et BIOGECO.



Départ de Chantal en distanciel qui découvre son cadeau en petit comité ... avant de la revoir en chair et en os pour tous fêter plus dignement cette nouvelle étape de sa vie.

"Je tiens à vous remercier très chaleureusement. Même si j’ai souhaité aller vers une nouvelle étape de vie, je dois reconnaitre que j’ai aussi eu beaucoup de chance d’être dans une dream team, elle-même dans une unité où il est, selon moi, particulièrement agréable de travailler. Je vous souhaite de bonnes fêtes, même si la période est spéciale, et vous dis à bientôt ."
 
>Diversité génétique au sein des espèces et résilience des systèmes agronomiques et forestiers 4 nov. Académie Agriculture - François Lefevre

>Situation sanitaire début 2020 de 52 massifs de chênes en forêt publique
ici.

>Journée Labos 1point5 «
S’engager ensemble pour réduire l’empreinte de nos activités de recherche » - 6 novembre 2020

>retrouvez les billets de ROGUE-ESR
ici.

>passeport pour la science ouverte en anglais ici


>Les conférences de Sciences en Question ici .

> un package R pour extraire les données du portail dataverse INRAE

> la soutenance de thèse de Sylvain à voir ou revoir ici.

> dans The Conversation:
Ce que la vie amoureuse du châtaignier nous enseigne de l’agroécologie

Qu’est-ce qu’un pollinisateur ?

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> que faire quand on est sollicité par un média ?

> BiodivERsA vient de publier son dernier policy brief intitulé "How natural forest expansion in Europe can offer cost-effective benefits to people" (https://www.biodiversa.org/1842), un document basé sur les résultats publiés du projet SPONFOREST.
 
  Retrouvez ici toute l'actualité de la PGTB

PCM INFO
Visioconférence :

> Vous pouvez disposer de la licence zoom de l'université de Bordeaux pour vos visioconférences. Allez sur zoom  https://zoom.us/fr-fr/meetings.html et créer un compte avec votre email u-bordeaux pour bénéficier de la licence. Si vous n'avez pas d'adresse mail UB, vous rendre sur l'ENT (environnement numérique de Travail) pour la créer.

>
GotoMeeting : Pour rappel, vous pouvez réserver la salle pour votre créneau de réunion sur le GRR.

>GotoMeeting offre la possibilité d'enregistrer les réunions sur votre poste ou dans le cloud. Seul l'enregistrement sur le cloud permet d'obtenir un fichier lisible sans conversion du format "gtm" au format "mp4". Pour ce faire la seule recommandation est de ne pas activer l'option qui passe par un mot de passe pour la réunion. Ce paramètrage est accessible via le GotoMeeting Hub (accès avec le login et mot de passe du compte de l'unité, cf Léa). Pour les animations S&T l'option mot de passe a du coup été supprimée, ce qui permet d'enregistrer les conférences. Les fichiers vidéos peuvent alors être téléchargés depuis le GotoMeeting Hub et déposés sur le NAS BIOGECO-P dans le répertoire Biogeco/Réunions. [https://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/]

 

Occupation des bureaux & Organigramme :

Un outil pour la gestion de l'organigramme et de l'occupation des locaux sur Pierroton et Talence (B2) a été développé cet automne. Une version beta est en cours de test.

 

Service de stockage réseau & archivage :

Avec l’achat de nouveaux équipements , le PCM fait évoluer les services informatiques de l’unité.

 

1) Un espace de stockage/partage sauvegardé et sécurisé est disponible pour chaque équipe et pour chaque projet (sur demande) sur le NAS d’unité BIOGECO-P (https://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/)

 

2) Un espace personnel réseau pour les stagiaires / thésards est disponible sur le NAS Biogeco_P (https://nas-pgtp.pierroton.inra.fr).

 

Cet espace est mis à disposition pour organiser, gérer, stocker et partager les données issues des travaux de thèse / stage. Le partage des contenus avec d'autres utilisateurs, et notamment le(s) responsable(s) de stage ou directeur(s)/directrice(s) de thèse, est possible, avec une gestion fine des droits. L'idée ici est d'organiser au mieux les données, par thématiques, types de données, analyses, publications, rapports, code informatique, tout autre fichier en rapport avec les travaux réalisés. Cet espace est sauvegardé et sécurisé.

 

Pour faciliter l’accès direct notamment en édition, une synchronisation des données sur le NAS de l’université est possible.

Merci de contacter Philippe Chaumeil (philippe.chaumeil@inrae.fr) et François Ehrenmann (francois.ehrenmann@inrae.fr) si vous êtes stagiaires / thésards et que vous n'avez pas encore accès au NAS. Nous vous créerons alors un compte et un espace dédié. Ne pas hésiter également à nous contacter pour l’accès, l’utilisation et l’organisation de votre espace.

 

3) Vous pouvez désormais bénéficier d’un espace personnel sauvegardé et sécurisé pour l’archivage de vos anciennes données. Un quota de 300Go (modulable) par personne est accessible (accès sur simple demande) sur le NAS de backup (https://biogeco-bkup.synology.me:9444/).

 

Documentation :

Suite à la formation de Ludovic, le PCM met à disposition deux cours sur Git (en français) de Laurent Facq de l'IMB:

  • une introduction à Git: "Git Pour Tous"

  • le cours pour aller plus loin sur les aspects collaboratifs: "Git Collaboratif - Branch’n’Merge"

Les cours sont assez abordables et très détaillés et permettent de vraiment bien comprendre la logique de Git. Pour les télécharger sur le GED:
GED => Informatique => PCM Informatique => Tutoriels => Git_tutoriels

 
> Vendredi 22 janvier 2021 9h30 (en distanciel) "Anticiper les dynamiques forestières dans des climats futurs : sociologie de la fabrication des modèles et des données" par Antoine Dolez Docteur en sociologie, chercheur associé à SAGE (Sociétés, Acteurs, Gouvernement en Europe), Université de Strasbourg, (invité par Sophie Gerber).


> En cette nouvelle année, et comme discuté à plusieurs reprises en 2020, l'animation S&T de l'UMR évolue. Nous aurons une animation d'une heure de 9h30 à 10h30 un vendredi sur deux alternant des conférenciers invités et des exposés BIOGECO. Nous attendons ainsi des propositions de la part de tous les collectifs de l'unité pour nos séances du vendredi aussi bien de conférenciers extérieurs que de propositions internes.
La 1ere animation aura lieu le vendredi 15 janvier si nous avons reçu des propositions d'exposés!
 Nous organiserons également 2 sessions d'une demi-journée sur des thèmes à définir collectivement et une journée science-société sur le thème de l'écologie urbaine. Pour ces journées à thème, nous vous proposons de partager vos idées via l'outil klaxoon en allant sur ce lien: https://app.klaxoon.com/join/BZRA8KC
 
De plus, pour ceux qui n'auraient pas participé à notre journée d'animation du 4 décembre, les enregistrements des présentations sont disponibles à:  https://nas-pgtp.pierroton.inra.fr/ dans la section BIOGECO/réunions
 
Bonne année 2021
 
Le groupe animation S&T

Un projet Life intitulé "Wild bees in Regionals Naturals Parks of Nouvelle-Aquitaine, implementation on sectorial policies" , coordonné par le PNR Périgord-Limousin a été acceptée par l'Europe. Ce projet a pour objectif de proposer des actions pour la conservation des abeilles sauvages allant d'une meilleure connaissance des communautés d'abeilles sauvages, la restauration d'habitats favorables aux abeilles jusqu'à la sensibilisation des acteurs de ces territoires (les 5 PNR de Nouvelle-Aquitaine). L'équipe ECOGERE (via la participation de Fred Revers) participera à l'élaboration du plan d’échantillonnage des abeilles sauvages et aux traitements des données.

> Si vous êtes intéressés par rejoindre un groupe de travail sur le sexisme au travail, la parité et la diversité, contacter la Direction. Nous communiquerons sur ce sujet lors de la prochaine AG.

> Victime
ou témoin sur votre lieu de travail d’une discrimination ou de violences à caractère sexuel ou sexiste. Consulter le dépliant de la cellule d’écoute externe
Allodiscrim d'INRAE ici.

>
Retrouver sur l'espace Covid-19 du site de l’Université,  l'ensemble des documents de référence liées à la situation sanitaire. Une nouvelle fiche (n°10) est consacrée à la continuité des activités de recherche
Coucou, c'est Stéphanie Wagner. Nous sommes heureux de vous annoncer la naissance de notre fille le 28.11.2020 à la maternité de Quint Fonsegrives. Juliette se porte à merveille et les parents sont très heureux :) Hâte de vous revoir. Stéphanie et Bertrand.

Thomas Damestoy part enseigner l'agroécologie au campus UniLaSalle avec Maïmiti Dulaurent (mondieumondieumondieu que le temps passe).

Barroso-Bergada D.*, Pauvert C.*, Vallance J., Delière L., Bohan D.A., Buée M., Vacher C. 2020. Microbial networks inferred from environmental DNA data for biomonitoring ecosystem change: strengths and pitfalls. Molecular Ecology Resources, in press. *co-premiers auteurs
Cet article porte sur la biosurveillance des écosystèmes. Nous avons évalué la capacité de différents indicateurs microbiens, calculés à partir de données NGS, à détecter des changements dans le fonctionnement des écosystèmes. Notre hypothèse était que les bioindicateurs déduits des réseaux microbiens étaient plus sensibles aux changements, mais ils ont montré leur limite dans cette étude. Les analyses bioinformatiques et statistiques ont été initiées dans la thèse de Charlie Pauvert (Biogeco) puis poursuivies et finalisées dans la thèse de Didac Barroso-Bergada (UMR Agroécologie, Dijon). L'échantillonnage et la biologie moléculaire ont été réalisés en collaboration avec l'UMR Save (Bordeaux), tandis que le séquençage a été coordonné par l'UMR IaM (Nancy). Cette étude s'inscrit dans le thème 3 du projet d'unité. Elle est actuellement prolongée par la recherche de bioindicateurs microbiens du stress hydrique dans les écosystèmes forestiers (projet ANR NGB, post-doctorat de Marine Cambon).


García C, Espelta JM, Hampe A (2020) Managing forest regeneration and expansion at a time of unprecedented global change. Journal of Applied Ecology 57: 2310-2315.
Cette pièce éditorial accompagne le deuxième numéro spécial sur la restauration forestière édité par les partenaires de SPONFOREST, qui inclut six contributions du projet et invitées. Trois de ces papiers sont aussi présentés dans le blog de la revue 'The Applied Ecologist'.


Marden, E., Abbott, R.J., Austerlitz, F., Ortiz-Barrientos, D., Baucom, R.S., Bongaerts, P., Bonin, A., Bonneaud, C., Browne, L., Alex Buerkle, C., Caicedo, A.L., Coltman, D.W., Cruzan, M.B., Davison, A., DeWoody, J.A., Dumbrell, A.J., Emerson, B.C., Fountain-Jones, N.M., Gillespie, R., Giraud, T., Hansen, M.M., Hodgins, K.A., Heuertz, M., Hirase, S., Hooper, R., Hohenlohe, P., Kane, N.C., Kelley, J.L., Kinziger, A.P., McKenzie, V.J., Moreau, C.S., Nazareno, A.G., Pelletier, T.A., Pemberton, J.M., Qu, Y., Renaut, S., Riginos, C., Rodríguez-Ezpeleta, N., Rogers, S.M., Russell, J.A., Schoville, S.D., Shi, S., Smith, M., Sork, V.L., Stone, G.N., Taberlet, P., Videvall, E., Waits, L., Warschefsky, E., Wayne, R.K., Whibley, A., Willoughby, J., Yoder, J.B., Zinger, L., Sibbett, B., Narum, S., Rieseberg, L.H., 2020. Sharing and reporting benefits from biodiversity research. Mol. Ecol. 
En tant qu'éditeurs de Molecular Ecology et de Molecular Ecology Resources, nous mettons en évidence l'utilité d'identifier et de rapporter dans les publications scientifiques les avantages de la recherche sur la biodiversité. Les avantages non-monétaires de la recherche sur la biodiversité incluent entre autres les collaborations scientifiques et le renforcement des capacités de recherche dans les pays pourvoyeurs de biodiversité. L'identification et la publication de ces avantages augmente la visibilité des recherches sur la biodiversité, et sa valeur, et peut déclencher un "cercle vertueux" implicant les acteurs politiques, ce qui favorisera la protection de la biodiversité.


Paquin, LJ, Bourgeois, B, Pellerin, S, Alard, D, Poulin, M. Native plant turnover and limited exotic spread explain swamp biotic differentiation with urbanization. Appl Veg Sci. 2020; 00: 1– 12.
Une nouvelle publication initiée au cours du CRCT de D. Alard à l'université Laval (Québec) sur la biodiversité et les services écologiques en milieu urbain. La question de l'homogénéisation biotique (ou non) par l’urbanisation y est traitée via la flore des "boisés humides" de la métropole de Québec.


Gross, A., Petitcollin, C., Dutech, C., Ly, B., Massot, M., Faivre d’Arcier, J., Dubois L., Saint-Jean G.& Desprez-Loustau, M. L. Hidden invasion and niche contraction revealed by herbaria specimens in the fungal complex causing oak powdery mildew in Europe. Biological Invasions
Je suis particulièrement heureuse que cet article, qui élucide l'histoire de l’oïdium, sorte juste avant que je parte en retraite. Grace a Andrin  (via l’étude de spécimens d'herbiers), et de nombreuses personnes de l'équipe, l’oïdium des chênes nous a livre quelques surprises que je vous laisse découvrir...

Garbisu C, Alkorta I, Kidd P, Epelde L, Mench M 2020 Keep and promote biodiversity at polluted sites under phytomanagement. Environmental Science and Pollution Research 27, 44820–44834.
Cet article de synthèse est issu du projet Européen PhytoSUDOE. Il est co-publié avec Neiker Tecnalia, l'Université du Pays Basque (Bilbao), l'Universite de Santiaogo de Compostelle et le CSIC. Il met l'accent sur les liens entre phytomanagement des sites contaminés, bonnes pratiques, utilisation et conservation de la biodiversité.

Kumpiene J, Carabante I, Kasiuliene A, Austruy A, Mench M 2020 Long-term stability of arsenic in iron-amended contaminated soils. Environmental Pollution 116017.
Cet article de recherche est issu du projet européen Greenland, dont les travaux réalisés en collaboration avec l'Université de Lulea. Il démontre l'efficacité de l'immobilisation de l'arsenic sur le long-terme, en tenant compte de l'ancienneté des sites, de leur typologie et conditions édaphiques. Il contribue à établir la généricité de certaines options de phytomanagement (en se basant sur des essais de longue durée) 

Markert B, Abdallah N, Aksoy A, Ammari T, Arias A, Azaizeh H, Badran A, Baltrėnaitė E, Baydoun E, Bernstein N, Canha N, Chudzinska E, Delakowitz B, Diatta J, Djingova R, El-Sheik O, Fargasova A, Figueiredo AM, Fränzle S, Frontesyeva M, Ghafari Z, Golan A, Gorelova S, Greger M, Harmens H, Hillman J, Hooda P, Jayasekera R, Kidd P, Kim E-S, Loppi S, Lahiri S, Liu S, Lux A, Ma L, Jorge Marcovecchio J, meers, E, Mench M, Michalke B, Mowafaq M, Namiesnik J, Nriagu J, Öztürk M, Pacyna J, Pehkonen S, Renella G, Rinklebe J, Robinson B, Saiki M, Szefer P, Tabors G, Tack F, Suchara I, Vangronsveld J, Vasconcellos M, Wang M, Waclawek M, Wolterbeek B, Wünschmann S, Zechmeister H 2020. Information gain in environmental monitoring through bioindication and biomonitoring methods ("B & B technologies") and phytoremediation processes with special reference to the Biological System of Chemical Elements (BSCE) under specific consideration of Lithium. Bioactive Compounds in Health and Disease 3(11), 214-250.
Cet article est une contribution qui dérive de l'Action COST 859, qui a rassemblé plus de 300 chercheurs pendant 5 ans. Elle propose des pistes sur la bioindication et la biosurveillance.

Demers E, Kõiv-Vainik M, Yavari S, Mench M, Marchand L, Vincent J, Frédette C, Comeau Y, Brisson J 2020 Macrophyte potential to treat leachate contaminated with wood preservatives: Plant tolerance and bioaccumulation capacity. Plants 9, 1774. 
Cet article est issu de la collaboration établie pendant les projets Greenland (FP7 EU) et Phytochem (ANR) sous l'égide de la Société Québécoise de Phytotechnologies et l'International Phytotechnologies Society, avec l'Institut de Recherche en Biologie Végétale (IRBV) (et le Jardin Botanique) de Montréal (Pr Jacques Brisson).

Martínez-Sancho, E., ....Santiago C. González-Martínez, Agathe Hurel, Grégoire Le Provost, Christophe Plomion..... The GenTree Dendroecological Collection, tree-ring and wood density data from seven tree species across Europe. Sci Data 7, 1 (2020).

Benavides, R.,  Santiago C. González-Martínez, Agathe Hurel, Grégoire Le Provost, Céline Lalanne, Christophe Plomion........... The GenTree Leaf Collection: inter- and intraspecific leaf variation in seven forest tree species in Europe. Global Ecology and Biogeography


deux data papers issus des données engrangées dans le cadre du consortium européen GENTREE. Nous étions en charge du suivi de populations de pin maritime et de chêne sessile.

Les GPR ont été évalués cet automne. Nous entamons la dernière phase avec l'audition (début janvier 2021) des porteurs des deux projets dans lesquels nous sommes fortement impliqués.
INRAE
> Les lauriers 2020 sont disponibles en vidéo ici.
> La charte de déontologie, d’intégrité scientifique et d’éthique est disponible 
ici.
> Retrouver les six prospectives scientifiques interdisciplinaires, conduites sur la période 2017-2019 ici.

 
> L'académie d'agriculture a organisé une séance intitulée "Diversité génétique au sein des espèces et résilience des systèmes agronomiques et forestiers" .  On peut la suivre  ici.

> L'ensemble des présentations du séminiare SELGEN est accessible sur le sharepoint SELGEN à la fois sous forme de PDF avec les diapos et de film MP4 montrant le conférencier et sa présentation.

> Colloque pour une recherche et une innovation responsables : 15 janvier 2021.
projets ERC

>page ‘grand public

>présentation récente:
> Projets soutenus par l’ERC
>Guide pour les Advanced Grants
 

Actions Marie Sklodowska-Curie :  qqs nouveautés à retenir
 
MSCA Doctoral Networks
·         Nombre max de PM de doctorants par réseau est réduit à 360, sauf pour les Doctorats Conjoints et les Doctorats Industriels, où ce nombre peut aller jusqu’à 540 ;
·         Plus de panel séparé pour les Doctorats Conjoints et les Doctorats Industriels ;
·         Plus de terme ESR mais Doctoral Researcher, et changement de définition – « un chercheur qui, au moment de son recrutement n’a pas encore de diplôme de doctorat » (la règle de 4 ans ne s’applique plus) ;
·        Prise en charge des coûts de congés maternité/paternité et/ou arrêts maladie de longue durée via Long Term Leave Allowance ;
·         Special Needs Allowance : demande directe dans le budget du projet
·         Possibilité de demander Family allowance en cas de changement de la situation familiale du boursier en cours du projet.
·         Pour les Joint Doctorates: un pré-accord pour l’établissement d’un joint diploma devra être signé en amont du dépôt. Cet accord se substituera à la lettre d’engagement.
·         Restrictions de resoumissions à partir de 2022, pour les les propositions notées en dessous de 80/100 à l'appel précédent.
 
MSCA Postdoctoral fellowships
·         Introduction de la notion « d’âge scientifique » : le candidat ne doit pas avoir, à la clôture de l’appel, plus de 8 ans d’expérience de recherche après la thèse ;
·         Plus de terme ER mais Postoctoral Researcher, et changement de définition – « un chercheur qui, à la clôture de l’appel à projets, a obtenu un diplôme de doctorat » (la règle de 4 ans ne s’applique plus) ;
·       Possibilité de faire des secondments dans tous les pays du monde, et non uniquement UE et Pays Associés  (sauf pendant la phase retour des GF) ;
·         Durée des secondments homogénéisée : 1/3 de la durée du projet ;
-         Prise en compte des congés maternité (18 mois/enfant) et paternité ( au pro-rata et sur la base des justificatifs) dans le calcul de l’âge scientifique ;
·         A partir de l’appel 2022 : restrictions de resoumissions pour les candidats ayant été notés en dessous de 70/100 à l’appel précédent ;
·         Prise en charge des coûts de congés maternité/paternité et/ou arrêts maladie de longue durée via Long Term Leave Allowance ;
·         Special Needs Allowance : demande directe dans le budget du projet
·         Possibilité de demander Family allowance en cas de changement de la situation familiale du boursier en cours du projet.
 
> ADAS: Notre association change de nom. A cette occasion, l'ADAS-INRAE lance un Grand Concours Logo. Participez ici avant le 31 janvier 2021.

> Cette deuxième vague de Covid19 et de confinement#2 touche de plein fouet les étudiant.e.s. Une nouvelle
cagnotte est en place pour apporter nourriture et produits de 1ère nécessité. (aide-etudiants-bordeaux@protonmail.com)
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